Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F21 I0 R2
|
370 |
72.1 |
3738297 |
91.5% |
3420541 |
62.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,895,458 |
G→A |
62.0% |
A164A (GCG→GCA) |
yjfF → |
predicted sugar transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,895,458 | 0 | G | A | 62.0%
| 37.0
/ 53.6
| 50 | A164A (GCG→GCA) | yjfF | predicted sugar transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/13); new base A (16/15); total (22/28) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACCATCCCATTTATGACACGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGG > minE/2895391‑2895523
|
aCCATCCCATTTATGACACGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCg > 1:2930751/1‑68 (MQ=255)
aCCATCCCATTTATGACACGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCg > 1:1839555/1‑68 (MQ=255)
aCCATCCCATTTATGACACGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCg > 1:1793566/1‑68 (MQ=255)
cccATTTATGACACGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGAct > 1:878082/1‑71 (MQ=255)
ccATTTATGACACGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGActg > 1:1822284/1‑71 (MQ=255)
tttATGACACGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGActgct > 1:175161/1‑70 (MQ=255)
cacGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGActgct < 1:3296506/63‑1 (MQ=255)
cacGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGActgct < 1:3733957/63‑1 (MQ=255)
cacGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTg > 1:527165/1‑70 (MQ=255)
cacGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTg > 1:1695943/1‑70 (MQ=255)
cGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCg < 1:2946626/71‑1 (MQ=255)
cGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCg < 1:2742580/71‑1 (MQ=255)
cGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCg < 1:764837/71‑1 (MQ=255)
ctcAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGa < 1:2192372/59‑1 (MQ=255)
tcAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGt < 1:3058883/61‑1 (MQ=255)
tcAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCggtggt > 1:878246/1‑71 (MQ=255)
tcAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCggtggt > 1:576359/1‑71 (MQ=255)
tcAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCggtgga > 1:3639953/1‑70 (MQ=255)
aaGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCggtggttg > 1:1506334/1‑69 (MQ=255)
aaGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCggtgg < 1:2020793/68‑1 (MQ=255)
aGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGc > 1:462401/1‑62 (MQ=255)
aGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGc > 1:2019677/1‑62 (MQ=255)
aGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCggtggtggt > 1:700244/1‑71 (MQ=255)
tGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCggttg < 1:2404344/62‑3 (MQ=255)
cGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCgg < 1:917978/70‑1 (MQ=255)
aaaTCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTc < 1:3157220/71‑1 (MQ=255)
tGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTcgcg > 1:846969/1‑70 (MQ=255)
tGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTcgcg > 1:989968/1‑70 (MQ=255)
ggcggcGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCggt > 1:711878/1‑44 (MQ=255)
gcggcgGTCGCTTAAGTGCGATGTGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCa < 1:2637508/70‑1 (MQ=255)
gcggcgGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCa < 1:385330/70‑1 (MQ=255)
gcggcgGTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCgcgc < 1:1780974/69‑1 (MQ=255)
cggTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTa > 1:3403903/1‑71 (MQ=255)
ggTCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCg > 1:2119478/1‑49 (MQ=255)
gTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTTCTCGCGCATCGTa < 1:981042/69‑1 (MQ=255)
gTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCa < 1:3431607/64‑1 (MQ=255)
gTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTAcc < 1:1408267/71‑1 (MQ=255)
tCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCgg < 1:1456075/48‑1 (MQ=255)
tCGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCgg < 1:989347/48‑1 (MQ=255)
cGCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCg > 1:2224287/1‑71 (MQ=255)
gCTTAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGt < 1:3735477/71‑1 (MQ=255)
ttAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCt < 1:2125944/53‑1 (MQ=255)
ttAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCt < 1:881548/53‑1 (MQ=255)
ttAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCt < 1:1333462/53‑1 (MQ=255)
ttAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGttt > 1:3155505/1‑71 (MQ=255)
ttAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGttt > 1:1061484/1‑71 (MQ=255)
ttAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGt < 1:520482/69‑1 (MQ=255)
tAAGTGCAATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGtttt > 1:1232320/1‑71 (MQ=255)
aaGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGttt < 1:527188/69‑1 (MQ=255)
aaGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGttt < 1:1842814/69‑1 (MQ=255)
aaGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGttt < 1:1324860/69‑1 (MQ=255)
gTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTgg > 1:2991634/1‑70 (MQ=255)
cGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCAt < 1:1238958/53‑1 (MQ=255)
gATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGc < 1:399974/37‑1 (MQ=255)
gATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGc < 1:2925366/37‑1 (MQ=255)
|
ACCATCCCATTTATGACACGCTCTCAAGCCTTGCGTGGAAAATCCCTGGCGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCTCGCGCATCGTACCCGTTTTGG > minE/2895391‑2895523
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
