Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A6 F28 I3 R1 26 437.0 1038814 65.5% 680423 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA minE 2,895,486 Δ1 bp coding (520/996 nt) yjfF → predicted sugar transporter subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,895,4850G.100.0% 352.1 / NA 79coding (519/996 nt)yjfFpredicted sugar transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base . (79/0);  total (79/0)

CGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCT  >  minE/2895440‑2895502
                                             |                 
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCatat      >  1:791570/1‑58 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTcc   >  1:1006363/1‑61 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTcc   >  1:989562/1‑61 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTcc   >  1:875051/1‑61 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTcc   >  1:804430/1‑61 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTcc   >  1:763864/1‑61 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTcc   >  1:720093/1‑61 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTcc   >  1:641460/1‑61 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTcc   >  1:60760/1‑61 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTcc   >  1:487534/1‑61 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTcc   >  1:438399/1‑61 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTcc   >  1:42842/1‑61 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTcc   >  1:354211/1‑61 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTcc   >  1:351975/1‑61 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTcc   >  1:1030346/1‑61 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTcc   >  1:137414/1‑61 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTcc   >  1:114913/1‑61 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTcc   >  1:161952/1‑61 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTcc   >  1:123523/1‑61 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTcc   >  1:1023202/1‑61 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTc    >  1:83521/1‑60 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:699569/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:779696/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:771035/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:815428/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:689067/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:665478/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:661912/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:6459/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:645439/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:201218/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:113238/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:620512/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:820018/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:834585/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:835929/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:862579/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:885327/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:914055/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:916951/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:931131/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:948203/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:949907/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:968407/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:1001722/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:398787/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:25650/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:286219/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:292964/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:293493/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:312986/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:326527/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:335108/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:19651/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:183847/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:364559/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:377332/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:612583/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:177400/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:447376/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:607707/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:14581/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:575312/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:557919/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:557727/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:538996/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:520348/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:502034/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:498683/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:484209/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:473358/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:163383/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTACt  >  1:878384/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGCCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:359504/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACCGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:932635/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCGCTTAAGTGCGATGGGACAGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:405933/1‑62 (MQ=255)
cggcggTCACTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:698057/1‑62 (MQ=255)
cggcagTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:377068/1‑62 (MQ=255)
cggaggTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGT‑GTTATCGGCATATTCCt  >  1:963519/1‑62 (MQ=255)
                                             |                 
CGGCGGTCGCTTAAGTGCGATGGGACTGCTGATGTTGGCGGTGGTGGTTATCGGCATATTCCT  >  minE/2895440‑2895502

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A