Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F1 I0 R1
|
2892 |
75.3 |
5698161 |
66.1% |
3766484 |
59.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,201,870 |
C→T |
20.3% |
G341G (GGC→GGT) |
sdaA → |
L‑serine deaminase I |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,201,870 | 0 | C | T | 20.3%
| 177.7
/ 31.4
| 79 | G341G (GGC→GGT) | sdaA | L‑serine deaminase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/34); new base T (7/9); total (35/44) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGG > minE/1201802‑1201940
|
gCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGa < 1:1280949/71‑1 (MQ=255)
cgcgATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGa < 1:5555514/66‑1 (MQ=255)
cgcgATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTgg < 1:3280033/71‑1 (MQ=255)
ttGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGtt > 1:786844/1‑71 (MQ=255)
ttGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGtt > 1:3776762/1‑71 (MQ=255)
tGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGtt > 1:3453460/1‑70 (MQ=255)
gTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGcc < 1:5654169/71‑1 (MQ=255)
tGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCt < 1:2979584/71‑1 (MQ=255)
gCATTGTATAAAATGAACGCATCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAg > 1:2370817/1‑58 (MQ=255)
cATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGt > 1:419170/1‑71 (MQ=255)
cATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGt > 1:3849571/1‑71 (MQ=255)
cATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGt > 1:2230101/1‑71 (MQ=255)
ttGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGa < 1:32093/53‑1 (MQ=255)
ttGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTggg < 1:1045454/59‑1 (MQ=255)
gTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGgtg > 1:2109799/1‑59 (MQ=255)
gTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCaa > 1:4111029/1‑71 (MQ=255)
tataAGATGAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTc < 1:2274963/68‑1 (MQ=9)
tataAGATGAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCAAt > 1:2170275/1‑71 (MQ=255)
tataAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGa < 1:5571954/50‑1 (MQ=255)
tataAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGa < 1:2739620/50‑1 (MQ=255)
ataAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGAGAAGTGGGTGTTGCCTGTTc < 1:1090400/67‑1 (MQ=255)
aaaaaaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTc < 1:1201554/65‑1 (MQ=255)
aaaaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAg < 1:3502844/49‑1 (MQ=255)
aaaaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGgc > 1:2639675/1‑71 (MQ=255)
agaTGAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGaa > 1:2606903/3‑47 (MQ=16)
agaTGAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGaa > 1:4343575/3‑47 (MQ=16)
aaTGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGgctg > 1:2878333/1‑71 (MQ=255)
aaTCAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGgctg < 1:4324716/71‑1 (MQ=255)
gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTtggcg < 1:398475/50‑3 (MQ=255)
gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTtggcg < 1:1311146/50‑3 (MQ=255)
gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTtggcg < 1:3019909/50‑3 (MQ=255)
gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCaa > 1:3672582/1‑62 (MQ=9)
gAACGCGTCGATTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCaa > 1:885873/1‑62 (MQ=9)
tctATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCt > 1:1281896/1‑71 (MQ=255)
tcgaTTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCAATGGCGGCGGCTGGTCt < 1:3856265/68‑1 (MQ=2)
ctATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATg < 1:5575919/56‑1 (MQ=255)
ctATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATg < 1:2330361/56‑1 (MQ=255)
tATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCtt > 1:1033113/1‑70 (MQ=255)
aTTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGtt > 1:1172022/1‑35 (MQ=16)
aTTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGgcgtgg < 1:3633851/43‑3 (MQ=16)
aTTTCTGGTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGc > 1:3698550/1‑44 (MQ=9)
aTTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTg > 1:423164/1‑70 (MQ=255)
tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTggg > 1:4249059/1‑37 (MQ=255)
tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGgtg > 1:491725/1‑39 (MQ=255)
tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGgtg > 1:2060467/1‑39 (MQ=255)
tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGgtg > 1:3539557/1‑39 (MQ=255)
tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTc < 1:2981976/49‑1 (MQ=255)
tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTg < 1:1414700/69‑1 (MQ=255)
tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTg < 1:5639978/69‑1 (MQ=255)
tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGc < 1:1377739/70‑1 (MQ=255)
tttCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGc < 1:589542/70‑1 (MQ=255)
tctggTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCAATGGCGGCGGCTGGTCTGGCAg < 1:2404421/67‑1 (MQ=2)
tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGc < 1:5364911/41‑1 (MQ=255)
tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGc < 1:4917877/41‑1 (MQ=255)
tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg < 1:2082192/70‑1 (MQ=255)
tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg > 1:1969824/1‑70 (MQ=255)
tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg > 1:3259618/1‑70 (MQ=255)
tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg < 1:5555480/70‑1 (MQ=255)
tCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg > 1:871001/1‑70 (MQ=255)
tggTGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTc < 1:2748762/44‑1 (MQ=9)
gTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAActg > 1:4693927/1‑71 (MQ=255)
tGCTGAAGTGGGTTGCCAGGGTGAAGTTGGCGTGGCGTGCTCAAt < 1:2913148/45‑1 (MQ=255)
cGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAg < 1:4713454/63‑1 (MQ=255)
gAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGaa > 1:1592768/1‑63 (MQ=255)
aaGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGaa > 1:5674933/1‑62 (MQ=255)
aaGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGc < 1:3233971/71‑1 (MQ=255)
aGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCg < 1:5418114/71‑1 (MQ=255)
gttggttgCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCaa < 1:4128865/37‑1 (MQ=255)
gttggttgCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCaa < 1:2824695/37‑1 (MQ=255)
gttggttgCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCaa < 1:4013511/37‑1 (MQ=255)
gttggttgCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCaa < 1:3918597/37‑1 (MQ=255)
gttggttgCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCgg < 1:1424339/71‑1 (MQ=255)
tggttgCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCTGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCgg > 1:4521925/1‑69 (MQ=255)
gCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAAc > 1:1833288/1‑54 (MQ=255)
ccAGGGCGAAGGGGGTGTTGCCTGTTCATTGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCgg < 1:1182769/71‑1 (MQ=255)
aGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGaa < 1:3166870/71‑1 (MQ=255)
ggCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGaa > 1:3446130/1‑69 (MQ=255)
ggCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACa < 1:3030667/71‑1 (MQ=255)
gCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCgg > 1:1693374/1‑36 (MQ=255)
cGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCgg > 1:3911905/1‑35 (MQ=255)
cGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAgg > 1:3035593/1‑71 (MQ=255)
|
GCGGGCGCGATTGGTGCATTGTATAAAATGAACGCCTCTATTTCCGGTGCGGAAGTTGGTTGCCAGGGCGAAGTGGGTGTTGCCTGTTCAATGGCTGCTGCGGGTCTTGCAGAACTGCTGGGCGGTAGCCCGGAACAGG > minE/1201802‑1201940
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
