Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F1 I0 R1
|
2892 |
75.3 |
5698161 |
66.1% |
3766484 |
59.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,513,018 |
T→C |
36.4% |
intergenic (+141/+291) |
pta → / ← ubiX |
phosphate acetyltransferase/3‑octaprenyl‑4‑hydroxybenzoate carboxy‑lyase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,513,018 | 0 | T | C | 36.4%
| 54.0
/ 60.2
| 66 | intergenic (+141/+291) | pta/ubiX | phosphate acetyltransferase/3‑octaprenyl‑4‑hydroxybenzoate carboxy‑lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/24); new base C (10/14); total (28/38) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTATGTTG > minE/1512953‑1513079
|
ttAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCAc < 1:2672089/69‑1 (MQ=255)
ttAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCAc < 1:4232554/69‑1 (MQ=255)
ttAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCAc < 1:3879962/69‑1 (MQ=255)
ttAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACtt > 1:5195165/1‑71 (MQ=255)
ttAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACtt > 1:1064975/1‑71 (MQ=255)
ttAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACtt > 1:5411597/1‑71 (MQ=255)
aTTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTg < 1:3460409/70‑1 (MQ=255)
aTTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACt < 1:2992392/67‑1 (MQ=255)
aTTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTg > 1:3536277/1‑70 (MQ=255)
tttGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCa < 1:5408961/71‑1 (MQ=255)
tGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCAt < 1:1427920/70‑1 (MQ=255)
cATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACt < 1:2210347/71‑1 (MQ=255)
aTTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACt > 1:5047928/1‑70 (MQ=255)
ttAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCGCTTTGCATACTTc > 1:1405011/1‑71 (MQ=255)
ttAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACt < 1:4382722/60‑1 (MQ=255)
ttAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGc < 1:2486427/64‑1 (MQ=255)
tAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACttt < 1:386345/61‑1 (MQ=255)
tAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACttt < 1:1116707/61‑1 (MQ=255)
aaTCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATa > 1:169365/1‑65 (MQ=255)
aaTCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTcc > 1:365561/1‑70 (MQ=255)
aaTCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACttac > 1:4345961/1‑68 (MQ=255)
aTCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTg < 1:5504966/60‑1 (MQ=255)
aTCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTg < 1:4300109/60‑1 (MQ=255)
aTCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTg < 1:631024/60‑1 (MQ=255)
aTCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGc > 1:4879998/1‑61 (MQ=255)
tCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCAc > 1:791243/1‑71 (MQ=255)
tCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCAc > 1:1516572/1‑71 (MQ=255)
cTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACtt < 1:2881897/64‑1 (MQ=255)
ttCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTg > 1:4130699/1‑71 (MQ=255)
tCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGt > 1:5299312/1‑71 (MQ=255)
aTTATCTTGCTTAACTGCTCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGtttt < 1:1728248/70‑3 (MQ=255)
aTTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTa < 1:2179613/69‑1 (MQ=255)
aTTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTa < 1:5326508/69‑1 (MQ=255)
ttATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTTCATACTTCCCACTTTGTTACAt < 1:4793739/71‑1 (MQ=255)
ttATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACa > 1:4385585/1‑70 (MQ=255)
ttATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACa > 1:5485179/1‑70 (MQ=255)
tATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCAGTTTGCATACTTacc < 1:4989994/58‑1 (MQ=255)
tATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCa > 1:4938408/1‑50 (MQ=255)
tATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTacc < 1:5666028/58‑1 (MQ=255)
aTCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACttt < 1:1389382/46‑1 (MQ=255)
aTCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAAGGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATa < 1:3128165/70‑1 (MQ=255)
tCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCAtctc < 1:4409329/40‑1 (MQ=255)
tCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCAtctc < 1:3375094/40‑1 (MQ=255)
tGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCt > 1:4469522/1‑71 (MQ=255)
tGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCt > 1:1398560/1‑71 (MQ=255)
cTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTc < 1:4648780/70‑1 (MQ=255)
ttAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGtt < 1:3929655/58‑1 (MQ=255)
ttAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGtt < 1:4998410/58‑1 (MQ=255)
aaCTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCCCACTTTGCATACTTACCACTTTGtttt > 1:2447372/1‑56 (MQ=255)
cTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGa < 1:3802840/71‑1 (MQ=255)
gcgcTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCa > 1:4428574/1‑36 (MQ=255)
gcgcTGCATCAATGAATTGCGACATCTCACTTTGCa > 1:1831662/1‑36 (MQ=255)
gcTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAAt < 1:4907136/71‑1 (MQ=255)
gcTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAAt < 1:5122490/71‑1 (MQ=255)
gcTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAAt < 1:5144849/71‑1 (MQ=255)
cTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAAt < 1:1049966/70‑1 (MQ=255)
cTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAAt < 1:4614581/70‑1 (MQ=255)
gCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGc > 1:1013764/1‑71 (MQ=255)
gCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGc > 1:3279193/1‑71 (MQ=255)
tCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCt < 1:126061/69‑1 (MQ=255)
aaTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGtt > 1:4970700/1‑42 (MQ=255)
aaTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCttttt > 1:1322984/1‑71 (MQ=255)
aaTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCttttt < 1:1651812/71‑1 (MQ=255)
aaTGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCttttt < 1:2884956/71‑1 (MQ=255)
aaTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCaa > 1:4468621/1‑51 (MQ=255)
aaTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCaa > 1:2016135/1‑51 (MQ=255)
aaTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTAtg < 1:3573463/71‑1 (MQ=255)
aaTTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAACTGAAAATGGCTTTTTTAt < 1:2168497/70‑1 (MQ=255)
tctcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaaaa > 1:2890308/1‑48 (MQ=255)
tctcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaaaa > 1:2454023/1‑48 (MQ=255)
tctcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaaaa > 1:4510192/1‑48 (MQ=255)
tctcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaaaa > 1:4056922/1‑48 (MQ=255)
tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaaaa > 1:328816/1‑46 (MQ=255)
tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGaaaa > 1:3412557/1‑46 (MQ=255)
tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTAtgttg > 1:150090/1‑62 (MQ=255)
tcACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTAtgttg > 1:3604577/1‑62 (MQ=255)
|
TTAATTTGCATTAATCCTTTCTGATTATCTTGCTTAACTGCGCTGCATCAATGAATTGCGCCATCTCACTTTGCATACTTCCCACTTTGTTACATAACCCTCAAGTGAAAATGGCTTTTTTATGTTG > minE/1512953‑1513079
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
