Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F1 I0 R1
|
2892 |
75.3 |
5698161 |
66.1% |
3766484 |
59.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,790,849 |
C→T |
55.6% |
intergenic (+244/‑531) |
pgi → / → ubiC |
glucosephosphate isomerase/chorismate pyruvate lyase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,790,849 | 0 | C | T | 55.6%
| 19.4
/ 85.6
| 72 | intergenic (+244/‑531) | pgi/ubiC | glucosephosphate isomerase/chorismate pyruvate lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/11); new base T (22/18); total (43/29) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.69e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTT > minE/2790783‑2790917
|
tCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAAtcc > 1:4128348/1‑69 (MQ=255)
tttttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTaaaa > 1:4536800/1‑68 (MQ=255)
tttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGAt > 1:3130768/1‑71 (MQ=255)
tttttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGAt > 1:2814105/1‑71 (MQ=255)
tttATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGAtt < 1:2078468/70‑1 (MQ=255)
cAGATAAATCCCGTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAAt > 1:3756885/1‑71 (MQ=255)
cAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTaa > 1:3881255/1‑70 (MQ=255)
tAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCgtt > 1:524567/1‑71 (MQ=255)
aaaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGAtttt > 1:1383357/1‑62 (MQ=255)
aaaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCgttg > 1:1533629/1‑71 (MQ=255)
aaTCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCgttgt > 1:1623264/1‑71 (MQ=255)
ccccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAAt < 1:455077/62‑1 (MQ=255)
ccccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTa > 1:1016598/1‑71 (MQ=255)
ccccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTa > 1:2611868/1‑71 (MQ=255)
cccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATGCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTAt < 1:4400116/71‑1 (MQ=255)
cccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTa > 1:3127437/1‑70 (MQ=255)
cccTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTa > 1:3039375/1‑70 (MQ=255)
ttGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCgttgtt < 1:2955832/65‑1 (MQ=255)
ttGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCgttgtt < 1:2949363/65‑1 (MQ=255)
tGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTc > 1:2547121/1‑70 (MQ=255)
tGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCg > 1:4567583/1‑71 (MQ=255)
tGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCg > 1:1047312/1‑71 (MQ=255)
gTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTaaa > 1:2101006/1‑43 (MQ=255)
gTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTaaa > 1:5373737/1‑43 (MQ=255)
gTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCgttg > 1:4712092/1‑61 (MQ=255)
gTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATa < 1:2329929/46‑1 (MQ=255)
tCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCgg < 1:4735509/70‑1 (MQ=255)
gTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCg > 1:3420145/1‑54 (MQ=255)
tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTaaaa < 1:404536/39‑1 (MQ=255)
tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaaa < 1:835245/70‑1 (MQ=255)
tAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAAt < 1:1333635/71‑1 (MQ=255)
aTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATa > 1:1255754/1‑39 (MQ=255)
aTTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATAc < 1:5527702/71‑1 (MQ=255)
ttAACGTAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTa > 1:6665/1‑56 (MQ=255)
ttAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTa > 1:2587419/1‑56 (MQ=255)
tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACg > 1:3383302/1‑69 (MQ=255)
tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAAt > 1:2716148/1‑46 (MQ=255)
tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAAt > 1:4410884/1‑46 (MQ=255)
tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAAt > 1:450977/1‑46 (MQ=255)
tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACg > 1:973766/1‑69 (MQ=255)
tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACg > 1:5459419/1‑69 (MQ=255)
tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACg > 1:5057918/1‑69 (MQ=255)
tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACg > 1:500771/1‑69 (MQ=255)
tAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACg > 1:480965/1‑69 (MQ=255)
aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGAttttt < 1:556456/42‑1 (MQ=255)
aaCGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCa < 1:2759490/70‑1 (MQ=255)
ggAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGAtt < 1:2780791/71‑1 (MQ=255)
ggAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGAtt < 1:1697903/71‑1 (MQ=255)
gAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaa < 1:2489635/58‑1 (MQ=255)
gAAATCAAACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGAtt > 1:3142182/1‑70 (MQ=255)
cATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTc > 1:227237/1‑49 (MQ=255)
aTACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCt < 1:4749771/71‑1 (MQ=255)
tACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCtt < 1:3942304/71‑1 (MQ=255)
ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCtttt > 1:5253173/1‑71 (MQ=255)
ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCtttt > 1:4102822/1‑71 (MQ=255)
ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCt < 1:1100324/68‑1 (MQ=255)
ccGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCt < 1:4605919/68‑1 (MQ=255)
tGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaa < 1:2728066/47‑1 (MQ=255)
tGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGAtt < 1:1998146/58‑1 (MQ=255)
tGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtt > 1:1507781/1‑71 (MQ=255)
tGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTAt > 1:1978531/1‑39 (MQ=255)
tGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTAt > 1:2073168/1‑39 (MQ=255)
tGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTAt > 1:5469405/1‑39 (MQ=255)
tGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtt > 1:3615215/1‑71 (MQ=255)
aGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGtttt < 1:2373462/71‑1 (MQ=255)
ggTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGttttt < 1:4836008/71‑1 (MQ=255)
gTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaa < 1:4109246/43‑1 (MQ=255)
gTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGaaa < 1:2787315/43‑1 (MQ=255)
gTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGa < 1:5144449/41‑1 (MQ=255)
ttAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCa < 1:4292291/49‑1 (MQ=255)
ttAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGAtt < 1:3231468/53‑1 (MQ=255)
tAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGa > 1:1201304/1‑50 (MQ=255)
aaCCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTttttattt > 1:4549033/1‑71 (MQ=255)
|
TCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAACCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCAGATTAATTGCTTTTGTTTTTATTT > minE/2790783‑2790917
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
