Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 448,360 T→C A502A (GCA→GCG)  cyoB ← cytochrome o ubiquinol oxidase subunit I

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb448,3600TC90.8% 280.7 / 11.0 120A502A (GCA→GCG) cyoBcytochrome o ubiquinol oxidase subunit I
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/11);  new base C (0/109);  total (0/120)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01

Only 100 of 122 total aligned reads displayed.

AGTACTGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTCAAA  >  W3110S.gb/448355‑448420
     |                                                            
aGTACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCT‑CTGGCTc     <  1:230409/62‑1 (MQ=255)
  tACCGCACGGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:903629/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCTGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:423513/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:571434/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:620877/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:549962/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:544383/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:509291/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:471478/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:46700/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:45260/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:431669/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:409287/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:407469/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:382280/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:357527/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:347536/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:345824/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:343595/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:316557/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:307465/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:306613/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1018892/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:269891/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:829446/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:981735/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:972576/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:944188/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:936120/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:914037/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:895998/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:891870/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:855433/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:85502/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:8368/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:301615/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:784289/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:74343/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:741626/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:739972/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:722578/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:710742/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:690744/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:685440/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:659931/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:657696/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1080274/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1319380/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1301290/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1287164/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1281768/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:199812/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1269559/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:125418/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1252260/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1226871/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1224790/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1337818/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1211838/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1203545/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1194797/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1192566/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1185774/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1149196/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:114521/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1135180/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1128991/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1106211/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1417637/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1025285/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:186616/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:173019/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:164252/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:150085/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1468661/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:10322/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1451847/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1450017/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1436375/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:139928/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1389955/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1033814/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1380309/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1372433/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1355921/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1345438/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1041183/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1068803/61‑1 (MQ=255)
  tACCGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTc     <  1:1076727/61‑1 (MQ=255)
    cTGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTCaaa  <  1:615867/62‑1 (MQ=255)
    cTGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTCaaa  <  1:1098036/62‑1 (MQ=255)
    cTGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTCaaa  <  1:767678/62‑1 (MQ=255)
    cTGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTCaaa  <  1:706493/62‑1 (MQ=255)
    cTGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTCaaa  <  1:460195/62‑1 (MQ=255)
    cTGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTCaaa  <  1:453826/62‑1 (MQ=255)
    cTGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTCaaa  <  1:1389389/62‑1 (MQ=255)
    cTGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTCaaa  <  1:310309/62‑1 (MQ=255)
    cTGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTCaaa  <  1:214932/62‑1 (MQ=255)
     tGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTCaaa  <  1:897860/61‑1 (MQ=255)
     tGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGGCAATCTGCTGGCGCaaa  <  1:1342522/61‑1 (MQ=255)
     |                                                            
AGTACTGCACCGCTGGCTGCAATCATCAGCATGGTGTGGAACTGCGGGTCAATCTGCTGGCTCAAA  >  W3110S.gb/448355‑448420

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A