Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,632,157 T→A T157T (ACA→ACT)  ydfI ← predicted mannonate dehydrogenase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,632,1570TA100.0% 307.4 / NA 111T157T (ACA→ACT) ydfIpredicted mannonate dehydrogenase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base A (0/111);  total (0/111)

Only 100 of 111 total aligned reads displayed.

CTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCTGTTTTCGGCTGGTGGGGATTT  >  W3110S.gb/1632117‑1632178
                                        |                     
cTTTAGGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1335761/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGTTGGGGAttt  <  1:1130967/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:448664/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:610007/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:599921/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:582604/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:572118/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:567730/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:533682/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:516482/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:510814/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:501429/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:484217/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:453801/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:651874/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:445420/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:441337/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:432484/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:425683/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:423987/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:407182/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:390580/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:377681/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:356375/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:348621/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:334755/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:803426/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:969922/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:963148/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:961424/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:953253/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:938056/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:930267/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:909844/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:905847/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:88668/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:868187/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:840727/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:6217/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:767934/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:755275/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:723787/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:721601/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:692033/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:683776/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:681194/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:669830/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:655706/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:65258/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:100595/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1178784/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1352879/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1342428/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1340586/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1311643/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1306178/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1296486/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1286834/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1241619/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:123377/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1191142/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1184534/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:323177/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1163025/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1158257/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1156031/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:11526/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1133946/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1126811/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1118168/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1053496/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1035746/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1024651/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1003165/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1375573/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:331230/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:278268/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:257283/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:242210/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:223034/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:178097/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:176936/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:169022/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:162153/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:159650/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:15669/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:155981/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1424478/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1422795/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1418926/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:141613/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1412231/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1407180/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1382861/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTCGGGAttt  <  1:1370073/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGGGGGGAttt  <  1:878450/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTCTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:159519/62‑1 (MQ=255)
cTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCAACCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1399373/62‑1 (MQ=255)
 tttACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:1145661/61‑1 (MQ=255)
   tACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCAGTTTTCGGCTGGTGGGGAttt  <  1:978020/59‑1 (MQ=255)
                                        |                     
CTTTACGGCGAGCCAGCGCCTCAACAATCACCCCTGTTGCTGTTTTCGGCTGGTGGGGATTT  >  W3110S.gb/1632117‑1632178

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A