Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,705,483 A→G H180H (CAT→CAC)  ydgJ ← predicted oxidoreductase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,705,4830AG98.9% 250.2 / ‑5.5 89H180H (CAT→CAC) ydgJpredicted oxidoreductase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (1/0);  new base G (88/0);  total (89/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01

CAAATCTACCGTCATGCTGACCGGTAAACCAAAAAGCGTAATGGCCTGATCAAGAAGATGTGGTGCTA  >  W3110S.gb/1705426‑1705493
                                                         |          
cAAATCTACCGTCATGCTGACCGGTAAACCAAAAAGCGTAATGGCCTGATCAAGAAGAtag         >  1:987211/1‑59 (MQ=255)
      tACCGTTATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:213961/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTGATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:736020/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAGCCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:1308165/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAggtgcggtgcaa  >  1:83792/1‑60 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAggtgcggtgcaa  >  1:85529/1‑60 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTgcggtg     >  1:304881/1‑59 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCt   >  1:236867/1‑61 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCt   >  1:1019066/1‑61 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCt   >  1:787351/1‑61 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCt   >  1:1257168/1‑61 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:69646/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:672262/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:693663/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:709147/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:70616/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:70767/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:732182/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:659729/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:651061/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:62218/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:6186/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:608408/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:608387/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:604218/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:570655/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:568754/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:567721/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:557481/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:872530/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:994423/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:992437/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:94007/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:918093/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:915809/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:896493/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:896107/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:891717/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:883142/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:71562/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:862154/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:803567/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:789620/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:784149/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:783449/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:766050/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:435892/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:724587/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:718255/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:1249682/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:512717/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:1468531/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:1466322/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:1460097/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:1430880/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:1416744/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:137321/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:1335541/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:1305220/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:1255824/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:168311/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:1230426/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:1223562/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:1197043/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:1176040/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:1139163/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:1117997/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:1069060/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:103407/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:1020582/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:347147/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:501579/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:497126/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:429544/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:423713/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:422035/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:419826/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:418941/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:376438/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:361370/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:354840/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:212944/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:34117/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:288089/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:277698/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:276525/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:25501/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:242886/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:238752/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGGCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:228169/1‑62 (MQ=255)
      tACCGTCATGCTAACCGGTAAACCAAATAACGTAATGCCCTGATCAAGAAGGTGCGGTGCTa  >  1:1449878/1‑62 (MQ=255)
                                                         |          
CAAATCTACCGTCATGCTGACCGGTAAACCAAAAAGCGTAATGGCCTGATCAAGAAGATGTGGTGCTA  >  W3110S.gb/1705426‑1705493

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A