Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,740,266 C→T P237S (CCG→TCG)  purR → DNA‑binding transcriptional repressor, hypoxanthine‑binding

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,740,2660CT100.0% 262.5 / NA 94P237S (CCG→TCG) purRDNA‑binding transcriptional repressor, hypoxanthine‑binding
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/94);  total (0/94)

CCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATAT  >  W3110S.gb/1740243‑1740303
                       |                                     
ccATGCAGCTAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1077288/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTTTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:11434/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCTCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:115824/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGTCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1189785/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:49551/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:709126/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:704908/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:673993/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:622215/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:605049/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:598729/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:58822/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:573310/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:553968/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:500592/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:495938/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:772277/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:478592/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:464664/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:458273/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:454053/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:428071/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:374199/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:349969/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:289672/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:287651/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:849992/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:960143/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:952557/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:944932/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:918651/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:914484/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:906911/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:896818/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:860234/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:856090/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:853245/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:727788/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:845889/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:835277/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:800851/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:8001/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:799216/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:779099/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:778873/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1005622/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:752638/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1160571/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1277813/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1250743/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1240292/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1236976/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1234067/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1229675/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1207566/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1207239/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1175451/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1161291/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1161119/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1281675/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1159266/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1154057/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1151006/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1142320/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1141322/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1072141/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1057973/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1034219/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1012471/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:100212/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1446782/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:269262/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:23843/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:225551/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:169613/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:159670/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:152497/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1472158/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:145171/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1439093/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1437831/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1437727/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:136337/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1356462/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1346784/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1342370/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:133653/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:1332310/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:130020/61‑1 (MQ=255)
ccATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGGCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:345692/61‑1 (MQ=255)
ccATGCACCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:286255/61‑1 (MQ=255)
ccATGCACCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:288012/61‑1 (MQ=255)
 cATGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:800594/60‑1 (MQ=255)
  aTGCAGCAAATCCTGTCGCAGTCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGatat  <  1:368767/59‑1 (MQ=255)
                       |                                     
CCATGCAGCAAATCCTGTCGCAGCCGCATCGCCCTACTGCCGTCTTCTGTGGTGGCGATAT  >  W3110S.gb/1740243‑1740303

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A