Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I2 R1
|
721 |
0.0 |
1472758 |
54.8% |
807071 |
56.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,776,885 |
A→G |
Q162Q (CAA→CAG) |
aroD → |
3‑dehydroquinate dehydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,776,885 | 0 | A | G | 100.0%
| 172.9
/ NA
| 62 | Q162Q (CAA→CAG) | aroD | 3‑dehydroquinate dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (0/62); total (0/62) |
AATGCAATCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAG > W3110S.gb/1776879‑1776929
|
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTTCGCTGATGCCGCAAAg < 1:124755/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:642830/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:356454/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:394359/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:408963/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:422215/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:434898/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:473348/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:52402/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:579039/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:582488/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:582627/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:590258/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:593117/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:604865/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:641910/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1061072/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:654228/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:697390/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:702828/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:728221/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:783437/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:814974/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:84501/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:86407/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:893957/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:902242/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:905134/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:908688/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:938644/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1292814/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1037925/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1082326/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1100395/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1114736/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1116416/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1129534/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:115832/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1165166/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1171243/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1218832/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1219717/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1232953/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1255181/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:322961/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1327915/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:316472/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:307294/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:301663/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:259159/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:214689/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:172339/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1427920/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1389777/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1361374/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1354068/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1349670/51‑1 (MQ=255)
aaTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1302876/51‑1 (MQ=255)
aTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:766790/50‑1 (MQ=255)
aTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:380327/50‑1 (MQ=255)
aTGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:33495/50‑1 (MQ=255)
tGCAGTCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAg < 1:1061163/49‑1 (MQ=255)
|
AATGCAATCCTTCGACGCCGATATTCCTAAGATTGCGCTGATGCCGCAAAG > W3110S.gb/1776879‑1776929
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
