Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I2 R1
|
721 |
0.0 |
1472758 |
54.8% |
807071 |
56.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
2,076,588 |
A→T |
G971G (GGA→GGT) |
flu → |
antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 2,076,588 | 0 | A | T | 100.0%
| 312.8
/ NA
| 113 | G971G (GGA→GGT) | flu | antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (113/0); total (113/0) |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGG > W3110S.gb/2076562‑2076623
|
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTTATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:567394/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCg > 1:118661/1‑35 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTTGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:834026/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGa > 1:970415/1‑43 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCa > 1:1437174/1‑49 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:514889/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:689539/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:676382/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:650552/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:625556/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:590387/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:572472/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:566975/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:559721/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:517022/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:699502/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:501808/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:448389/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:431890/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:425099/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:425030/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:423337/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:40602/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:390587/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:961070/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:373654/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:818142/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:930901/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:929802/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:911542/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:907354/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:884706/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:882442/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:882233/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:880645/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:957993/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:863548/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:84126/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:696214/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:810426/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:802362/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:795027/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:773077/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:766730/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:732104/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:730689/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:720482/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:700385/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:344294/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1138175/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1298096/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1297619/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:977337/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:128134/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1269576/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1265732/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:124645/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1234850/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1203842/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1178545/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1165379/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1302978/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1133937/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1128637/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1118486/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1106076/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1091154/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:108137/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1066289/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:106564/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1042152/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1005771/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:132200/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:325492/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:306682/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:29654/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:294646/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:974017/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:272977/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:247409/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:240793/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:231543/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:211651/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:182274/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1469274/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1454889/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1444786/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:144173/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1379972/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1360189/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1360076/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1352503/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:1328275/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:365131/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCg > 1:1006977/1‑61 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCg > 1:876964/1‑61 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGCAGGCAGCg > 1:1290227/1‑61 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGGACCTCCACCGAAGGCAGCgg > 1:382369/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGATATGCGTGTGGGAACCTCCACCGCAGGCAGCgg > 1:379719/1‑62 (MQ=255)
gTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGTGAAATGCGTGTGGGGACCTCCACCgcaggca > 1:289852/1‑58 (MQ=255)
|
GTTATCCGCACCTTCAGCTCCCGGGGAGATATGCGTGTGGGGACTTCCACTGCAGGCAGCGG > W3110S.gb/2076562‑2076623
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
