Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,325,465 T→C N251N (AAT→AAC)  atoS → sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with AtoC

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,325,4650TC100.0% 288.8 / NA 101N251N (AAT→AAC) atoSsensory histidine kinase in two‑component regulatory system with AtoC
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/101);  total (0/101)

Only 100 of 101 total aligned reads displayed.

GTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGA  >  W3110S.gb/2325458‑2325518
       |                                                     
attttAACAACCTCGGCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1383416/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:453718/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:573899/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:549777/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:544067/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:530793/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:521485/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:499628/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:47805/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:472815/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:463362/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:461850/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:578772/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:451958/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:440782/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:440124/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:431179/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:414146/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:405361/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:390551/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:388673/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:101055/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:35435/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:337988/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:752585/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:96491/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:963132/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:94194/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:928190/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:922300/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:916056/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:909224/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:894432/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:893497/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:853358/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:839944/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:35447/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:740830/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:739164/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:722557/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:721930/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:717504/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:715780/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:694999/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:655261/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:642600/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:634614/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:585398/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:11623/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:134563/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:126927/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1253791/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1242081/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1216354/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1206373/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1196688/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1192888/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1191422/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1185682/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1166709/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:318005/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1161250/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1139363/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1131395/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1078058/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1069740/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1026273/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1019690/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1019441/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1016526/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1015794/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:208988/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:326539/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:31066/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:297779/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:292516/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:283964/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:27528/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:257266/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:217428/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:213989/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:209754/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:134879/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:167002/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:161370/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1471711/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1462012/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1442911/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1410646/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1405537/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1389552/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1381726/58‑1 (MQ=255)
attttAACAACCTCACCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:594222/58‑1 (MQ=255)
 ttttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:231072/58‑1 (MQ=255)
 ttttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:693964/58‑1 (MQ=255)
 ttttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:402659/58‑1 (MQ=255)
 ttttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:922497/58‑1 (MQ=255)
 ttttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:925921/58‑1 (MQ=255)
 ttttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:630240/58‑1 (MQ=255)
   ttAACAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGAACACTTAACGATCTGATTATTGa  <  1:1287575/58‑1 (MQ=255)
       |                                                     
GTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGA  >  W3110S.gb/2325458‑2325518

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A