Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,383,789 G→A F47F (TTC→TTT)  menD ← bifunctional 2‑oxoglutarate decarboxylase and SHCHC synthase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,383,7890GA92.9% 268.4 / 5.2 112F47F (TTC→TTT) menDbifunctional 2‑oxoglutarate decarboxylase and SHCHC synthase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/8);  new base A (104/0);  total (104/8)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-12
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01

Only 100 of 113 total aligned reads displayed.

GCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCC  >  W3110S.gb/2383745‑2383807
                                            |                  
gcCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTccgc   <  1:658003/62‑1 (MQ=255)
gcCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTccgc   <  1:647764/62‑1 (MQ=255)
gcCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTccgc   <  1:259628/62‑1 (MQ=255)
gcCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTccgc   <  1:550965/62‑1 (MQ=255)
gcCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTccgc   <  1:566892/62‑1 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATgaataaat                 >  1:1344168/1‑41 (MQ=19)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCg              >  1:1344033/1‑44 (MQ=25)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:661284/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:696773/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:632122/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:619088/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:609913/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:608374/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:598330/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:59676/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:596688/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:587008/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:557863/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:501446/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:48311/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:48124/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:463548/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:45991/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:437798/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:433741/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:425901/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:404910/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:892239/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:971856/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:969071/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:960438/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:943028/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:941934/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:92204/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:90916/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:90317/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:901820/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:899955/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:898488/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:674140/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:846490/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:821152/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:816362/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:813348/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:741025/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:737967/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:729282/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:723583/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:708957/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:707258/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:379422/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1238084/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1376667/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1368044/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1366515/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1349001/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1347138/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1326247/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1298621/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1277376/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1271858/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:125660/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1247288/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1243585/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1385171/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1234693/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1230529/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1227015/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:12034/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1096868/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1095305/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1095188/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1092904/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1064297/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1062377/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1034240/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1411176/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:334658/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:320861/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:305581/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:299840/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:286832/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:275502/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:259097/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:258070/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:237095/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:235372/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:213637/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:208601/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:207588/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:194401/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:18668/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:180828/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:180582/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:173429/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1443231/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:1429386/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATTCTccgcc  >  1:391526/1‑56 (MQ=255)
       gCCCCAGTCCACGCTCATCGAAATGGGTATGATGAATAAATGCGGAATCCTccgcc  >  1:1033804/1‑56 (MQ=255)
                    cTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTccgc   <  1:50596/42‑1 (MQ=255)
                                            |                  
GCCAGATGCCCCAACCCACGCTCATCGAAATGGGTGTGGTGAATGAATGCGGAATTCTCCGCC  >  W3110S.gb/2383745‑2383807

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A