Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I2 R1
|
721 |
0.0 |
1472758 |
54.8% |
807071 |
56.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
2,423,981 |
A→G |
L485L (CTA→CTG) |
yfcC → |
predicted inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 2,423,981 | 0 | A | G | 83.3%
| 99.8
/ 10.0
| 54 | L485L (CTA→CTG) | yfcC | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/0); new base G (45/0); total (54/0) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
AACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTA > W3110S.gb/2423924‑2424014
|
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCtt > 1:487662/2‑61 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCtt > 1:1416579/2‑61 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:626613/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:340674/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:1015042/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:402282/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:402700/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:517185/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:520862/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:523303/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:5966/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:622799/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:62442/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:356300/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:653750/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:661066/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:703819/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:733285/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:764101/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:790226/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:814698/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:869955/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:871519/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:936717/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:948595/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:970672/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:1397250/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:1077600/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:1085776/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:111507/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:116662/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:1170814/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:1174201/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:1195904/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:121037/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:129356/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:132622/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:339378/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:141140/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:1431523/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:152760/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:169531/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:193850/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:245811/2‑62 (MQ=255)
gaCGCTCGGTGTTTGCCGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGTGCGACCCTGCTTg > 1:337618/2‑62 (MQ=255)
gTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTa > 1:1399024/1‑62 (MQ=255)
gTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTa > 1:1372891/1‑62 (MQ=255)
gTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTa > 1:1450066/1‑62 (MQ=255)
gTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTa > 1:707362/1‑62 (MQ=255)
gTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTa > 1:218014/1‑62 (MQ=255)
gTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTa > 1:457090/1‑62 (MQ=255)
gTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTa > 1:253359/1‑62 (MQ=255)
gTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTa > 1:375701/1‑62 (MQ=255)
gTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTa > 1:955686/1‑62 (MQ=255)
|
AACGCTCGGTGTGTGCAGGGTGGACTTCCGTAACTGGCTGAAGGTGGGCGCGACCCTACTTGGACTGCTGTTTATTATGTCCAGCGTCGTA > W3110S.gb/2423924‑2424014
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
