Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,555,185 G→A T269T (ACC→ACT)  yfeX ← conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,555,1850GA100.0% 433.2 / NA 153T269T (ACC→ACT) yfeXconserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (153/0);  total (153/0)

Only 100 of 153 total aligned reads displayed.

CCATCGGTATCGCCAAACATGCTCAGCAGTTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTA  >  W3110S.gb/2555180‑2555241
     |                                                        
ccATCATTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:13894/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAg              >  1:371019/1‑50 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGt   >  1:1048377/1‑61 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGt   >  1:909793/1‑61 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGt   >  1:209791/1‑61 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGt   >  1:409357/1‑61 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGt   >  1:781922/1‑61 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:409868/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:627061/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:620600/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:617961/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:594135/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:550922/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:531055/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:492656/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:476992/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:460251/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:44645/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:418337/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:637576/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:391542/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:390151/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:380816/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:358398/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:355547/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:330368/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:311571/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:81016/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:979224/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:971818/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:9702/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:922461/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:922199/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:866289/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:850978/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:848154/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:841650/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:825756/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:825722/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:628713/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:809958/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:798551/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:771212/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:744587/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:694223/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:682410/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:675414/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:663993/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:651441/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:276970/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1155046/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1320801/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1005890/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1300077/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1284435/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1267365/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1250822/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1250475/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:121903/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1201835/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1178863/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1171407/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1311850/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1148497/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1139122/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1136096/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1121987/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1117520/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1107664/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1092101/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1076969/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1068604/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1048019/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1021929/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1460013/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:266413/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:257855/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:257155/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:239318/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:226431/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:226330/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:198204/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:184787/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:161689/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1469566/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1340108/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1447018/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:144686/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1438618/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1425058/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1387653/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1376788/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1370479/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1349599/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:1347140/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGAGCAGTa  >  1:1421667/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGAGCGCAGTa  >  1:414777/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGATa                   >  1:1222263/1‑45 (MQ=255)
ccATCAGTATCGCCAAACATGCTCAGCAATTGCGGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:904111/1‑62 (MQ=255)
ccATCAGTATAGCCAAACATGCTCAGCAATTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTa  >  1:706483/1‑62 (MQ=255)
     |                                                        
CCATCGGTATCGCCAAACATGCTCAGCAGTTGCTGCTCAATGTTATGCAGACGCGCGCAGTA  >  W3110S.gb/2555180‑2555241

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A