Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,622,704 C→T A335A (GCC→GCT)  ppk → polyphosphate kinase, component of RNA degradosome

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,622,7040CT100.0% 275.9 / NA 98A335A (GCC→GCT) ppkpolyphosphate kinase, component of RNA degradosome
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/98);  total (0/98)

AAAGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCC  >  W3110S.gb/2622675‑2622736
                             |                                
aaaGCCTAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:789467/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:526160/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:701355/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:700655/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:656545/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:649818/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:602456/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:58206/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:577277/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:555701/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:548565/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:533140/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:750265/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:513192/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:513049/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:493693/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:487116/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:480056/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:479524/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:470594/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:461278/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:413708/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:356560/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:348417/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:89652/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:998658/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:980886/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:971480/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:949929/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:946015/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:945088/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:936740/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:920410/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:916488/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:909851/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:908318/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:728090/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:873873/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:852213/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:819560/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:812098/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:802264/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:784512/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:779533/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:756542/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:75135/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:381979/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1207655/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:138934/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1362540/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:340103/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1322802/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1311222/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1285809/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1276022/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1270645/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1228080/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1220743/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1355650/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1203813/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1196465/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1146170/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1110479/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1109711/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1084181/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1067187/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1061384/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1041512/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:149476/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:325093/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:252995/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:24719/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:218602/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:212055/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:211474/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:177355/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:175938/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:175070/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:160718/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1398862/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1470602/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1428336/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1454483/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1450470/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1444461/62‑1 (MQ=255)
aaaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:145039/62‑1 (MQ=255)
 aaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTGGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1380207/61‑1 (MQ=255)
 aaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1274385/61‑1 (MQ=255)
 aaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1000671/61‑1 (MQ=255)
 aaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:415644/61‑1 (MQ=255)
 aaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1150775/61‑1 (MQ=255)
 aaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:574096/61‑1 (MQ=255)
 aaGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1285312/61‑1 (MQ=255)
 aaGCCCAGTTCAGCAATTGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:118356/61‑1 (MQ=255)
       aGTTCCGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:734226/55‑1 (MQ=255)
            cGCAATGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:774900/50‑1 (MQ=255)
               aaTGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1299047/47‑1 (MQ=255)
                 tGGTTTTGATGCTATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATcc  <  1:1337349/45‑1 (MQ=255)
                             |                                
AAAGCCCAGTTCCGCAATGGTTTTGATGCCATTCGCGAACGCGATGTGTTGCTCTATTATCC  >  W3110S.gb/2622675‑2622736

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A