Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,679,998 C→T Q468Q (CAG→CAA)  yphG ← conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,679,9980CT100.0% 360.7 / NA 130Q468Q (CAG→CAA) yphGconserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (130/0);  total (130/0)

Only 100 of 130 total aligned reads displayed.

GGTGAACGGCTGGCGTGATGATATTGCTCCAGATGCTGACCGATAAACCAGGCTTCATCTGT  >  W3110S.gb/2679963‑2680024
                                   |                          
ggTGCACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:592841/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAGACCAGGTTTCATCTGt  >  1:378074/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCa              >  1:1115681/1‑50 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGttt         >  1:713304/1‑55 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCa       >  1:972948/1‑57 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCttt  >  1:923168/1‑60 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTg   >  1:559499/1‑61 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:514471/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:685233/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:679931/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:654911/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:647275/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:63533/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:623014/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:571810/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:553383/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:540138/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:532685/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:431714/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:511362/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:505933/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:471946/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:454966/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:453150/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:445660/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:443939/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:441299/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:406606/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:852349/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:983000/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:963773/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:946505/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:932972/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:913733/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:913643/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:906855/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:90659/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:901964/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:900417/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:896042/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:693508/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:847153/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:845698/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:827298/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:814408/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:794282/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:783067/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:770266/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:757005/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:749709/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:702446/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:116032/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:129887/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1296134/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:129178/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1281988/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1271113/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1269144/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1232379/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:122699/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1226375/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1197569/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1184517/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1182897/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1319963/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1140545/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1119163/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1076295/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1071626/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1059206/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1038844/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1037138/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1031124/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1022280/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1010640/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1004433/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:23797/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1000913/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:395432/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:376918/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:343125/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:341172/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:336232/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:324550/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:323145/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:313343/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:311996/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:288581/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:421274/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:235992/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:17294/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:164175/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1472104/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1457453/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1432537/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1418365/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1416399/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1362762/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:1360505/1‑62 (MQ=255)
ggTGAACGGCTCGCGTGATGATATTGCTCCAGATGTTGACCGATAAACCAGGTTTCATCTGt  >  1:134987/1‑62 (MQ=255)
                                   |                          
GGTGAACGGCTGGCGTGATGATATTGCTCCAGATGCTGACCGATAAACCAGGCTTCATCTGT  >  W3110S.gb/2679963‑2680024

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A