Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,228,821 T→C Y426Y (TAT→TAC)  ygjK → predicted glycosyl hydrolase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,228,8210TC100.0% 390.5 / NA 136Y426Y (TAT→TAC) ygjKpredicted glycosyl hydrolase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (136/0);  total (136/0)

Only 100 of 136 total aligned reads displayed.

CCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTATAACGTCACCCAAGATAAAACC  >  W3110S.gb/3228781‑3228842
                                        |                     
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGt                  >  1:522800/1‑46 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCAcc              >  1:1091268/1‑50 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATaaacc   >  1:346832/1‑59 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATa       >  1:509169/1‑57 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAccc  >  1:616065/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:558240/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:731064/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:726903/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:702662/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:69187/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:64315/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:641182/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:612960/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:606101/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:59609/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:572359/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:38037/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:732481/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:495192/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:493426/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:485418/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:370827/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:441684/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:438819/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:412885/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:406256/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:860891/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:979834/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:975259/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:954662/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:947602/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:942987/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:916451/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:902617/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:888552/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:878477/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:870609/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:868848/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:345184/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:860227/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:854512/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:844642/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:832427/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:811009/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:808410/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:806085/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:786419/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:784504/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:756390/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:740365/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1188432/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1008408/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1381314/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1354025/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1303820/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1278702/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1274502/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:127035/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1235308/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1224619/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1218958/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1193218/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1386700/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1184092/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1177308/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1155671/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1148175/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1111702/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:108460/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1056896/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1040820/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1037421/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:10342/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1015158/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:212042/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:335350/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:320046/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:309292/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:302603/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:272036/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:259759/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:233153/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:213645/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1396637/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:210232/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:198082/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:197330/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:191202/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:173339/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:16304/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1471370/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1466582/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1436967/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1421143/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAcc  >  1:1411522/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGATAAAAc   >  1:297988/1‑61 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGGAAAAAAcc  >  1:391055/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTCACCCAGCATAAAAcc  >  1:1021100/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTACAACGTAACCCAGGATAAAAcc  >  1:1174467/1‑62 (MQ=255)
ccAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTCTACAACGt                  >  1:1464986/1‑46 (MQ=39)
                                        |                     
CCAAACCCAGCCTTGCCGCCTGGTCGGTGATGGAAGTGTATAACGTCACCCAAGATAAAACC  >  W3110S.gb/3228781‑3228842

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A