Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,281,218 A→G H81R (CAC→CGC)  agaA → predicted truncated N‑acetylgalactosamine‑6‑phosphate deacetylase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,281,2180AG100.0% 235.7 / NA 83H81R (CAC→CGC) agaApredicted truncated N‑acetylgalactosamine‑6‑phosphate deacetylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/83);  total (0/83)

TATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGG  >  W3110S.gb/3281187‑3281248
                               |                              
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTTTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1460144/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:472275/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:669442/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:627373/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:618205/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:616119/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:599277/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:550916/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:525153/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:507829/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:496946/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:486039/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:722215/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:471986/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:428402/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:424154/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:414251/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:397365/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:390105/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:384592/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1009130/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:883804/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:999800/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:993109/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:985995/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:941479/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:938201/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:931659/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:904214/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:898122/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:89068/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:320551/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:877450/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:821273/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:808657/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:808442/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:782368/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:759289/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:758934/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:750675/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:725135/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1147574/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:125985/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:125381/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1236460/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1227987/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1192077/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1187774/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1181706/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1152842/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:308179/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1145895/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1137776/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1126458/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1124859/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:107715/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:105299/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1032311/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1011435/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1302035/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:189806/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:275348/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:178305/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:151387/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1423967/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1418118/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1403278/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1381960/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1375833/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1340899/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1332096/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1326495/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1323/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGCCcggtgg  <  1:308335/62‑1 (MQ=255)
tataCGTTATGTGGGGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCCCGTCcggtgg  <  1:1384275/62‑1 (MQ=255)
 ataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1175626/61‑1 (MQ=255)
 ataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1024910/61‑1 (MQ=255)
 ataCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:936982/61‑1 (MQ=255)
  taCGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1010926/60‑1 (MQ=255)
        aTGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:505621/54‑1 (MQ=255)
               gaagaaGTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1319867/47‑1 (MQ=39)
                   tagTGCAGATGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:1069431/42‑1 (MQ=38)
                           aTGCGCGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCcggtgg  <  1:863098/35‑1 (MQ=37)
                               |                              
TATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCACGGTGGCGTTGTCCGTACCGCGTCTGGTGG  >  W3110S.gb/3281187‑3281248

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A