Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,440,188 T→G Y106D (TAC→GAC)  rsd → stationary phase protein, binds sigma 70 RNA polymerase subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,440,1880TG100.0% 340.8 / NA 119Y106D (TAC→GAC) rsdstationary phase protein, binds sigma 70 RNA polymerase subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base G (0/119);  total (0/119)

Only 100 of 119 total aligned reads displayed.

CCGCGAAGATTTGGCCGCAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATTACTACGATTCCA  >  W3110S.gb/3440138‑3440200
                                                  |            
 cgggAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1288625/59‑1 (MQ=255)
 cgcgAATATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1298109/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCTAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:486454/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAAGAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1122366/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:483645/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:575511/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:573934/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:56390/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:53470/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:525705/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:517180/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:517140/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:509688/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:497617/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:496357/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:257646/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:466350/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:420076/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:393973/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:341393/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:339461/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:312628/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:304192/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:302770/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:299494/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:269537/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:252580/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:759297/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:974905/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:961890/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:942161/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:94003/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:937686/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:922524/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:91402/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:900976/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:872999/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:856308/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:812201/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:579142/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:750766/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:747696/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:747241/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:681183/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:678980/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:666586/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:634735/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:630784/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:620887/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:582262/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1246944/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1366575/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1354327/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1009065/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1349323/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1092812/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1096441/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1281489/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1276859/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1254188/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1372872/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1246303/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1242246/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1232942/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1191164/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1096858/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1170372/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1127205/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1099032/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:109787/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:14994/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:23047/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1032730/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:21991/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:191470/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:189954/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:180873/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:169411/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:150467/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1463747/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1428078/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1067917/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1417147/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:140864/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1087467/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1383731/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATAGATGACTACGATTCCa  <  1:1367664/62‑1 (MQ=255)
 cgcgAAGATTTGGACACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTATGATTCCa  <  1:384939/62‑1 (MQ=255)
  gcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACTATTCCa  <  1:1456023/61‑1 (MQ=255)
  gcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1013212/61‑1 (MQ=255)
  gcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1019674/61‑1 (MQ=255)
  gcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1350540/61‑1 (MQ=255)
  gcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1186245/61‑1 (MQ=255)
  gcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:128851/61‑1 (MQ=255)
  gcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1316940/61‑1 (MQ=255)
  gcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1425250/61‑1 (MQ=255)
  gcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:278167/61‑1 (MQ=255)
   cgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:287133/60‑1 (MQ=255)
        aTTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:237604/55‑1 (MQ=255)
         tttGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1393359/54‑1 (MQ=255)
                                                  |            
CCGCGAAGATTTGGCCGCAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATTACTACGATTCCA  >  W3110S.gb/3440138‑3440200

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A