Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,943,337 2 bp→CA coding (622‑623/1572 nt) bcsE ← conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,943,3370AC100.0% 301.9 / NA 105I208C (ATC→TGC) bcsEconserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base C (0/105);  total (0/105)
*W3110S.gb3,943,3380TA100.0% 290.3 / NA 105I208C (ATC→TGC) bcsEconserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base A (0/105);  total (0/105)

Only 100 of 105 total aligned reads displayed.

TTTGAACTAATGTCCAGATACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGACC  >  W3110S.gb/3943320‑3943381
                 ||                                           
gttGAACTAATGTCGAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1067793/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:417154/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:673403/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:668663/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:664595/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:659630/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:646148/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:619368/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:617009/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:587265/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:572864/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:509432/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:489109/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:458154/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:690983/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:395858/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:37574/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:366486/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:35152/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:34446/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:338854/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:334317/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:308090/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1001196/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:300090/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:847187/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:965365/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:95439/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:938392/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:923733/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:91795/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:891564/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:869623/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:866578/61‑1 (MQ=255)
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gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:850671/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:850021/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:302855/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:798008/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:797265/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:784900/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:773117/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:766613/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:765553/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:742886/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:73531/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:727846/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:726002/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1130623/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1334019/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:295168/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1300201/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1280049/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1269320/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1263807/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1210743/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1165926/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1160945/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1159662/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1159316/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1320973/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1116460/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:111539/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1069220/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:106451/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1047607/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1043283/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1039792/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1029842/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1024929/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1012536/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1003874/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1462379/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:214228/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:203009/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:224816/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:170021/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:167680/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:230663/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:237718/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1468098/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:245360/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1441314/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:282853/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1408408/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1398465/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1391959/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1367648/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1357827/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1351932/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1342299/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCAAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:661404/61‑1 (MQ=255)
gttGAACTAATGTACAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGTGCGCTGAcc  <  1:529693/61‑1 (MQ=255)
 ttGAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:197188/61‑1 (MQ=255)
   gAACTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1023749/59‑1 (MQ=255)
    aaCTAATGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:8671/58‑1 (MQ=255)
        aaTGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:1147908/54‑1 (MQ=255)
         aTGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:159131/53‑1 (MQ=255)
         aTGTCCAGCAACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:319049/53‑1 (MQ=255)
         aTGTCCAGCAACCATTATGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGAcc  <  1:774822/53‑1 (MQ=255)
                 ||                                           
TTTGAACTAATGTCCAGATACCATTTTGTTGCTGAACGCTAAGCTGCTGACGGGCGCTGACC  >  W3110S.gb/3943320‑3943381

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A