Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I2 R1 721 0.0 1472758 54.8% 807071 56.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,393,024 C→T L343L (TTG→TTA)  yjeP ← predicted mechanosensitive channel

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,393,0240CT100.0% 245.7 / NA 89L343L (TTG→TTA) yjePpredicted mechanosensitive channel
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (89/0);  total (89/0)

CATAACGTAACCGTTGCACACGCAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGTTTCG  >  W3110S.gb/4393002‑4393061
                      |                                     
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCAttt                          >  1:610650/1‑36 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCt              >  1:776306/1‑48 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTtgtg        >  1:299660/1‑54 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:449519/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:566259/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:546624/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:541791/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:531788/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:530193/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:520832/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:473821/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:46822/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:461442/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:597571/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:433553/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:422056/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:395563/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:382650/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:364980/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:322300/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:308512/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:258446/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:726426/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:102561/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:939297/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:93505/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:932255/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:906163/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:866457/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:862507/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:849215/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:73267/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:591694/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:717668/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:710827/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:694359/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:684750/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:672573/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:641743/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:604227/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:955277/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1194554/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:126097/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:124581/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:12270/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1226053/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:122515/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1222606/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1221205/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1216929/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1201208/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:12265/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1192859/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1160010/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1142727/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1139378/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1096291/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1062445/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1049498/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1031663/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1426406/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:226375/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:184104/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1450796/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1439462/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1435239/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1427690/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1279559/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1416575/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1412330/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1357990/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1323614/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1282213/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:128700/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1294421/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1297902/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1305708/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:1340787/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGtttt   >  1:117044/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGtttt   >  1:750739/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGtttt   >  1:604484/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGtttt   >  1:1108163/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGtttt   >  1:884098/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGtttt   >  1:9078/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGtttt   >  1:1088169/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGtttt   >  1:29102/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGtttt   >  1:950325/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATTTCGGTACCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:244217/1‑58 (MQ=255)
cATAACGTAACCGTTGCACACGTAACTGCGCCATATCGGTATCAAGCTGTTGTGGttttg  >  1:602765/1‑58 (MQ=255)
                      |                                     
CATAACGTAACCGTTGCACACGCAACTGCGCCATTTCGGTATCAAGCTGTTGTGGTTTCG  >  W3110S.gb/4393002‑4393061

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A