Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 416,944 C→T R193R (CGC→CGT)  phoB → DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with PhoR (or CreC)

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb416,9440CT100.0% 182.5 / NA 101R193R (CGC→CGT) phoBDNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with PhoR (or CreC)
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/101);  total (0/101)

Only 100 of 101 total aligned reads displayed.

TGGGGAACTAACGTGTATGTGGAAGACCGCACGGTCGATGTCCACATTCGTCG  >  W3110S.gb/416915‑416967
                             |                       
ttgggAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:85441/51‑1 (MQ=255)
tGGGTAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:49514/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:70077/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:7074/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:69753/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:67626/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:66899/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:63268/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:62964/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:62547/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:62392/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:6084/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:59413/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:58793/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:5752/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:57306/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:56717/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:56685/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:53921/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:53894/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:53578/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:51714/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:51684/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:10447/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:50420/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:79285/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:88401/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:87563/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:8753/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:87079/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:86414/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:84660/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:83986/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:82740/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:79685/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:79459/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:79400/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:50958/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:78884/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:77185/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:77052/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:76942/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:76491/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:75592/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:75155/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:74966/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:74133/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:73456/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:18050/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:27439/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:27373/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:49087/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:25761/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:24904/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:245/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:24032/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:23237/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:20679/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:1954/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:19105/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:26658/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:17053/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:16779/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:16544/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:15114/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:14074/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:14047/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:1333/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:12812/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:12195/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:10463/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:36446/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:48780/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:47482/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:40957/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:40938/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:39764/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:39179/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:38995/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:38767/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:38623/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:38374/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:27495/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:35553/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:34634/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:34085/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:33720/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:32185/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:3094/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:30877/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:30137/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:28812/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcatcg  <  1:53429/53‑1 (MQ=255)
tGGGGAACCAACGTGTATGTGGAACATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:81069/53‑1 (MQ=255)
tGGGCAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:74315/53‑1 (MQ=255)
 ggggAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:20854/52‑1 (MQ=255)
 ggggAACCAACGTGTATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:67654/52‑1 (MQ=255)
            gtgtATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:16065/41‑1 (MQ=38)
             tgtATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:79360/40‑1 (MQ=38)
              gtATGTGGAAGATCGTACGGTCGATGTCCACATtcgtcg  <  1:25263/39‑1 (MQ=38)
                             |                       
TGGGGAACTAACGTGTATGTGGAAGACCGCACGGTCGATGTCCACATTCGTCG  >  W3110S.gb/416915‑416967

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A