Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 668,313 T→A V109V (GTA→GTT)  mrdA ← transpeptidase involved in peptidoglycan synthesis

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb668,3130TA100.0% 176.0 / NA 92V109V (GTA→GTT) mrdAtranspeptidase involved in peptidoglycan synthesis
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base A (0/92);  total (0/92)

AGATCTACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTCC  >  W3110S.gb/668308‑668364
     |                                                   
aGATCAACCACGCTGCGCTAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:55757/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTTCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:67806/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:57429/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:68972/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:68057/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:66857/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:66516/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:65980/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:6498/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:64785/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:64319/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:64288/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:60297/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:70281/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:5719/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:56158/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:56026/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:53248/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:53144/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:52796/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:5184/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:50416/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:11242/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:83721/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:9459/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:9379/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:9310/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:9195/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:9035/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:8992/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:87162/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:87030/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:86140/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:83767/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:47765/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:82111/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:81486/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:79628/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:77944/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:77250/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:76089/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:76002/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:75572/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:75099/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:7351/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:17462/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:2482/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:24656/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:24479/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:24376/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:24112/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:23874/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:22970/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:22222/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:21961/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:20182/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:19017/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:44743/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:17294/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:16955/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:15959/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:15620/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:1352/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:13484/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:13212/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:13078/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:12394/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:11562/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:31397/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:47641/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:39625/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:39140/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:38554/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:38157/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:37010/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:3530/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:35058/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:33574/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:33278/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:32597/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:31136/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:30938/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:2937/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:28277/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:27755/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:27098/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:27058/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:26170/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:25390/57‑1 (MQ=255)
aGATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACG‑TATCGACTTTCTcc  <  1:23058/56‑1 (MQ=255)
 gATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:6816/56‑1 (MQ=255)
 gATCAACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTcc  <  1:66943/56‑1 (MQ=255)
     |                                                   
AGATCTACCACGCTGCGCAAAGCGTCCAGCGTTTGCTGCACGTTATCGACTTTCTCC  >  W3110S.gb/668308‑668364

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A