Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,040,185 G→A E156E (GAG→GAA)  appB → cytochrome bd‑II oxidase, subunit II

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,040,1850GA100.0% 211.5 / NA 110E156E (GAG→GAA) appBcytochrome bd‑II oxidase, subunit II
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/110);  total (0/110)

Only 100 of 110 total aligned reads displayed.

GCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATT  >  W3110S.gb/1040178‑1040238
       |                                                     
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:55842/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:6763/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:66708/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:6599/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:64156/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:63803/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:62872/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:62623/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:62217/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:57257/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:56441/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:5615/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:68150/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:54045/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:52659/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:51063/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:50629/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:50426/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:49763/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:49459/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:10754/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:48667/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:48537/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:48520/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:75756/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:9016/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:8796/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:87495/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:86113/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:85653/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:83009/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:82468/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:8128/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:80369/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:78936/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:76479/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:49184/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:75542/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:74780/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:74728/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:73092/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:72174/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:71133/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:70832/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:70438/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:70209/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:69255/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:2987/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:1688/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:32760/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:32234/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:31614/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:31588/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:19054/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:310/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:30924/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:3067/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:33047/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:28609/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:28211/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:20225/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:27897/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:27772/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:2724/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:26267/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:25861/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:24050/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:42106/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:46189/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:45546/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:45359/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:44581/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:12688/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:43389/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:423/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:42135/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:13334/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:13474/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:13959/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:39900/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:38817/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:36958/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:34347/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:34263/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:33484/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:33219/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGCAtt  <  1:67738/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGCGTGGAtt  <  1:71985/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGAGTGGAtt  <  1:87815/61‑1 (MQ=255)
gcgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGAAACTGCTGAGGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:77728/61‑1 (MQ=255)
 cgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTTGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtg  <  1:12663/60‑2 (MQ=255)
 cgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:46296/60‑1 (MQ=255)
 cgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:63865/60‑1 (MQ=255)
 cgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:54633/60‑1 (MQ=255)
 cgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:40174/60‑1 (MQ=255)
 cgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:51331/60‑1 (MQ=255)
 cgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:43552/60‑1 (MQ=255)
 cgTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:11212/60‑1 (MQ=255)
  gTGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:20993/59‑1 (MQ=255)
   tGGAATATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGAtt  <  1:25163/58‑1 (MQ=255)
       |                                                     
GCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATT  >  W3110S.gb/1040178‑1040238

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A