Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,221,796 A→T intergenic (+1018/‑582) ymgF → / → ycgH hypothetical protein/ECK1157:JW5901:b1169; hypothetical protein, N‑ter fragment

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,221,7960AT100.0% 154.0 / NA 85intergenic (+1018/‑582)ymgF/ycgHhypothetical protein/ECK1157:JW5901:b1169; hypothetical protein, N‑ter fragment
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (0/85);  total (0/85)

GAGTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTAGTGATTCTAACAGTTACGAAG  >  W3110S.gb/1221757‑1221817
                                       |                     
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:63967/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:69630/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:68487/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:68279/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:67869/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:6758/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:66162/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:66116/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:65175/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:63975/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:70090/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:63643/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:63394/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:61130/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:59850/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:57767/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:56225/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:1331/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:54672/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:54541/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:79416/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:8818/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:88150/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:87172/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:86095/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:83008/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:81770/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:81600/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:81335/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:80653/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:5469/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:79168/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:76800/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:75678/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:75071/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:74936/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:74166/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:73304/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:70906/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:70594/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:26242/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:52718/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:30118/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:29796/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:29323/61‑1 (MQ=255)
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gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:29023/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:290/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:28697/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:28086/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:30164/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:2522/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:23885/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:20642/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:17970/61‑1 (MQ=255)
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gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:16599/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:15654/61‑1 (MQ=255)
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gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:14139/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:44442/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:52652/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:52630/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:51670/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:50987/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:48476/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:47477/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:45387/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:44879/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:33637/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:43509/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:42404/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:40968/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:39620/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:39155/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:37058/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:36150/61‑1 (MQ=255)
gagTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:35248/61‑1 (MQ=255)
 agTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:77753/60‑1 (MQ=255)
 agTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:59226/60‑1 (MQ=255)
 agTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:83939/60‑1 (MQ=255)
  gTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:85170/59‑1 (MQ=255)
       gAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:70341/54‑1 (MQ=255)
                  gATGCTGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:34765/43‑1 (MQ=255)
                       tGTAGATGATGAAGTTTGTGATTCTAACAGTTACGAAg  <  1:82091/38‑1 (MQ=255)
                                       |                     
GAGTCTCGAACATGTGTCGATGCTGTAGATGATGAAGTTAGTGATTCTAACAGTTACGAAG  >  W3110S.gb/1221757‑1221817

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A