Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,374,810 C→T G396G (GGC→GGT)  ycjN → predicted sugar transporter subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,374,8100CT100.0% 174.7 / NA 93G396G (GGC→GGT) ycjNpredicted sugar transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (93/0);  total (93/0)

GATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGTAAAGCCGA  >  W3110S.gb/1374793‑1374854
                 |                                            
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTTAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:6552/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTg                            >  1:71591/1‑36 (MQ=37)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCAt                         >  1:75682/1‑39 (MQ=37)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGt                    >  1:633/1‑44 (MQ=38)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGcc    >  1:85204/1‑60 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCg   >  1:34092/1‑61 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCg   >  1:82430/1‑61 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCg   >  1:30788/1‑61 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCg   >  1:83725/1‑61 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCg   >  1:81286/1‑61 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCg   >  1:28179/1‑61 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCg   >  1:43500/1‑61 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCg   >  1:21569/1‑61 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCg   >  1:85640/1‑61 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCg   >  1:85907/1‑61 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCg   >  1:41964/1‑61 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:74915/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:73760/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:76107/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:73756/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:71616/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:73649/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:73540/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:81100/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:70871/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:68072/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:64501/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:62636/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:59876/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:59659/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:84389/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:9831/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:8893/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:88560/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:87177/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:85444/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:8539/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:84561/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:84469/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:84391/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:76981/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:83000/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:8235/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:82268/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:55078/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:81057/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:80868/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:80517/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:79415/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:26420/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:59387/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:39111/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:3822/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:35371/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:34591/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:34434/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:32811/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:31054/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:2926/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:28774/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:40202/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:2565/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:25513/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:23532/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:17925/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:17833/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:17405/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:16648/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:14594/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:12811/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:49495/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:57376/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:56626/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:1229/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:54964/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:54461/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:53152/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:52694/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:52379/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:49845/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:40697/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:49308/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:49014/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:46447/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:45396/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:44693/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:42916/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:42387/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:42254/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:41491/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAATCGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCGa  >  1:29249/1‑62 (MQ=255)
gATGTGACGGGGTCTGGTGTGGTGAGTTCAAAGGAGCATAACGTCACCGTggg           >  1:69195/1‑53 (MQ=255)
gATGTGACGGGGACTGGTGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGGAAAGCCg   >  1:22409/1‑61 (MQ=255)
                 |                                            
GATGTGACGGGTTCTGGCGTGGTGAGTTCAATGGTGCATAACGTCACCGTGGGTAAAGCCGA  >  W3110S.gb/1374793‑1374854

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A