Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,411,719 T→C D165D (GAT→GAC)  dbpA → ATP‑dependent RNA helicase specific for 23S rRNA

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,411,7190TC100.0% 150.0 / NA 77D165D (GAT→GAC) dbpAATP‑dependent RNA helicase specific for 23S rRNA
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (77/0);  total (77/0)

AGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGCGATGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTGC  >  W3110S.gb/1411685‑1411745
                                  |                          
gggCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:82434/2‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGtttt    >  1:70677/1‑59 (MQ=39)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:57008/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:68093/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:67090/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:6706/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:65484/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:65446/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:62476/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:6196/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:61432/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:10084/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:56823/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:55440/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:54575/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:53893/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:5352/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:53196/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:53004/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:52453/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:77432/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:958/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:882/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:87019/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:86989/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:84563/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:81221/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:78009/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:77893/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:70540/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:77071/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:76463/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:75403/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:75145/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:74334/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:73640/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:71494/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:71152/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:20079/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:25319/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:24399/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:24190/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:24100/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:22454/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:22297/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:22123/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:21293/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:50370/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:16608/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:15832/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:15291/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:14329/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:1277/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:11261/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:10346/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:10232/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:36973/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:50739/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:47975/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:47713/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:47626/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:47346/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:47111/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:46892/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:40818/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:40013/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:38816/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:28517/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:36827/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:36205/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:35466/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:35229/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:318/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:29948/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGATTTgc  >  1:76072/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGAATTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:74051/1‑61 (MQ=255)
aGGCCGACCACATGCTGGATATGGGATTTAGTGACGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTgc  >  1:27610/1‑61 (MQ=255)
                                  |                          
AGGCCGACCGCATGCTGGATATGGGATTTAGCGATGCCATTGATGATGTCATCCGTTTTGC  >  W3110S.gb/1411685‑1411745

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A