Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,545,604 G→A T57T (ACC→ACT)  narU ← nitrate/nitrite transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,545,6040GA100.0% 165.6 / NA 91T57T (ACC→ACT) narUnitrate/nitrite transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (91/0);  total (91/0)

CGGTAGTAAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACGGTAACTGCGCTAAATAGCATCCA  >  W3110S.gb/1545567‑1545627
                                     |                       
ctgtagtgAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGAAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:50241/3‑61 (MQ=255)
cgttagtgAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:81965/4‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAATACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:53729/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTa                      >  1:12792/1‑41 (MQ=38)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTaaa           >  1:70909/1‑52 (MQ=39)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATc    >  1:82940/1‑59 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:74812/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:7624/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:74687/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:74555/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:74485/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:73998/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:72266/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:70106/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:69491/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:68209/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:66057/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:65445/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:64806/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:64720/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:60942/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:60422/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:56754/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:55119/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:52061/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:84411/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:11250/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:951/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:9067/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:88404/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:88176/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:87582/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:87074/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:86051/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:85376/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:8460/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:75076/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:84319/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:84091/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:82065/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:81500/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:78357/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:77350/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:77141/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:77026/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:9599/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:25282/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:33525/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:33426/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:32039/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:31475/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:31315/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:31287/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:29554/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:28557/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:27836/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:27178/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:25571/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:34459/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:23570/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:22816/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:22542/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:20530/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:1871/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:17854/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:15192/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:15041/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:12407/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:12165/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:42625/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:48883/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:48263/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:4625/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:45475/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:4487/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:44310/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:44010/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:42742/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:42684/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:51647/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:41686/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:40660/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:4026/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:40162/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:39280/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:39232/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:38669/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:37294/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:34865/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTATAGAGATTAACAGTACCTGAGCTAAATAGCAACCa  >  1:39627/1‑61 (MQ=255)
cGGTAGTGAAATTAAAACCGATTTTACTGAGATTAACAGTAACTGCGCTAAATAGCATCCa  >  1:57545/1‑61 (MQ=255)
                                     |                       
CGGTAGTAAAATTAAAACCGATTTTATTGAGATTAACGGTAACTGCGCTAAATAGCATCCA  >  W3110S.gb/1545567‑1545627

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A