Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I1 R1
|
826 |
0.0 |
88706 |
74.7% |
66263 |
57.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
2,076,111 |
C→T |
G812G (GGC→GGT) |
flu → |
antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 2,076,111 | 0 | C | T | 98.7%
| 119.2
/ NA
| 78 | G812G (GGC→GGT) | flu | antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (0/77); minor base G (0/1); total (0/78) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGC > W3110S.gb/2076083‑2076144
|
cttcCGTTGATGTTTAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:75818/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:61689/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:70102/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:68904/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:68700/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:66050/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:65339/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:64369/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:62888/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:6231/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:70747/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:60325/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:58949/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:5869/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:58264/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:5737/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:54552/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:10527/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:5415/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:77615/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:88543/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:85137/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:84920/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:84887/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:83782/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:83277/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:82686/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:80550/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:54247/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:76995/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:7604/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:75387/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:74035/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:73950/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:73919/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:71172/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:44117/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:30365/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:32317/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:347/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:27191/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:35643/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:38404/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:40820/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:41004/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:25423/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:41261/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:23891/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:20838/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:42214/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:43258/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:20340/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:4459/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:45113/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:45531/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:45656/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:1791/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:48516/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:48801/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:48876/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:49223/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:14056/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:50027/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:50126/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:1250/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACCGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:52827/62‑1 (MQ=255)
cttcCGTTGATGTAAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:53117/62‑1 (MQ=255)
ctaccGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:65371/59‑1 (MQ=255)
ttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:41220/61‑1 (MQ=255)
ttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:83241/61‑1 (MQ=255)
ttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGTGCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:57128/61‑1 (MQ=255)
ttcCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGGTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:46709/61‑1 (MQ=255)
tGTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:74197/52‑1 (MQ=255)
gTTAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:69004/51‑1 (MQ=255)
ttAAGGATGATGACGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:50777/50‑1 (MQ=255)
tgatgaCGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:1220/43‑1 (MQ=38)
gaCGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:41611/39‑1 (MQ=38)
cGGTTCCCGCGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGc < 1:26991/37‑1 (MQ=38)
|
CTTCCGTTGATGTTAAGGATGATGACGGCTCCCGTGCCGGCACGGTCCGGGATGATGCCGGC > W3110S.gb/2076083‑2076144
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
