Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,698,155 T→G A247A (GCT→GCG)  yfhH → predicted DNA‑binding transcriptional regulator

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,698,1550TG77.2% 108.7 / 23.3 79A247A (GCT→GCG) yfhHpredicted DNA‑binding transcriptional regulator
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/18);  new base G (61/0);  total (61/18)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.63e-18
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

CTGCTTGTCACGCTCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGAA  >  W3110S.gb/2698142‑2698209
             |                                                      
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGa                   >  1:14902/1‑51 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:47501/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:67580/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:66902/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:61863/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:60563/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:60054/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:55854/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:52338/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:50293/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:69967/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:4736/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:44775/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:13222/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:40845/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:40142/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:39054/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:37083/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:79693/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:9452/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:88681/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:87331/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:86283/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:84049/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:83530/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:81798/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:80162/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:69890/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:79422/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:78000/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:77513/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:76042/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:75169/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:74782/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:44752/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:35472/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:13926/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:17149/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:1815/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:18874/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:20470/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:20731/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:22113/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:22406/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:23624/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:24620/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:25639/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:26995/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:27195/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:2757/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:33283/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:36809/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:34994/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:34875/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:33865/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:29129/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:32173/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGAt                  >  1:30607/1‑52 (MQ=255)
ctGCTTGTCACGCGCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTCTACATTGCGCTGa                   >  1:83770/1‑51 (MQ=38)
ctGCTTGTCACGCGCAGGCAATGTTAACGGATTTGCTGtt                              >  1:56990/1‑40 (MQ=255)
ctGCTTGTCAAGCGCAGGGAATGTTAAAGGATTTGCTTTTc                             >  1:86144/1‑41 (MQ=255)
      gTCACGCTCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGa   <  1:28159/61‑1 (MQ=255)
        cACGCTTAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGaa  <  1:35160/60‑1 (MQ=255)
        cACGCTCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGaa  <  1:81065/60‑1 (MQ=255)
        cACGCTCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGaa  <  1:64800/60‑1 (MQ=255)
        cACGCTCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGaa  <  1:86348/60‑1 (MQ=255)
        cACGCTCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGaa  <  1:30096/60‑1 (MQ=255)
        cACGCTCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGaa  <  1:19753/60‑1 (MQ=255)
        cACGCTCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGaa  <  1:68789/60‑1 (MQ=255)
        cACGCTCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGaa  <  1:33764/60‑1 (MQ=255)
        cACGCTCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGaa  <  1:71017/60‑1 (MQ=255)
        cACGCTCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGaa  <  1:21429/60‑1 (MQ=255)
        cACGCTCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGaa  <  1:79702/60‑1 (MQ=255)
        cACGCTCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGaa  <  1:33480/60‑1 (MQ=255)
        cACGCTCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGaa  <  1:5329/60‑1 (MQ=255)
        cACGCTCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGaa  <  1:77262/60‑1 (MQ=255)
        cACGCTCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGaa  <  1:32130/60‑1 (MQ=255)
        cACGCTCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGaa  <  1:25683/60‑1 (MQ=255)
        cACGCTCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGaa  <  1:26810/60‑1 (MQ=255)
             |                                                      
CTGCTTGTCACGCTCAGGGAATGTTAACGGATTTGCTGTTCATTGCGCTGATTCAGCAGGATCTGGAA  >  W3110S.gb/2698142‑2698209

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A