Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,065,191 T→A R213R (CGA→CGT)  ygfI ← predicted DNA‑binding transcriptional regulator

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,065,1910TA99.0% 169.2 / NA 96R213R (CGA→CGT) ygfIpredicted DNA‑binding transcriptional regulator
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  major base A (95/0);  minor base C (1/0);  total (96/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01

ATTTTGGCCATAAAACTGTAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGTCGCAT  >  W3110S.gb/3065135‑3065196
                                                        |     
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGCCGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:3419/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCGCACAAGGACGCat  >  1:35495/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCGCACAAGGACGCa   >  1:69172/1‑61 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCTCAAGGACGCat  >  1:43649/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACATGGACGCat  >  1:3792/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGCCGCat  >  1:10719/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGc    >  1:8788/1‑60 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:47572/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:57273/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:56454/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:56241/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:53506/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:53070/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:50893/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:49574/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:49440/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:4876/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:47985/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:62103/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:47319/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:4709/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:47055/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:46458/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:41411/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:72799/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:999/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:9977/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:8972/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:87781/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:87265/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:86210/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:84072/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:79963/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:78713/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:61144/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:71159/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:70606/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:69310/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:67816/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:67370/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:66528/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:65967/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:64679/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:46002/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:14674/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:26307/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:25598/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:24565/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:24433/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:24144/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:23029/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:22691/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:19241/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:18896/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:39733/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:14250/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:14105/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:12881/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:12639/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:11695/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:11227/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:11040/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:10615/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:1008/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:33678/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:41061/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:3918/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:38087/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:37304/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:34743/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:27642/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:33119/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:31751/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:3126/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:29471/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCat  >  1:28194/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCa   >  1:46968/1‑61 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCa   >  1:53819/1‑61 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCa   >  1:45119/1‑61 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCa   >  1:10020/1‑61 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCa   >  1:12229/1‑61 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCa   >  1:12323/1‑61 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCa   >  1:78940/1‑61 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCa   >  1:23989/1‑61 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCa   >  1:7525/1‑61 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCa   >  1:49629/1‑61 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCa   >  1:36822/1‑61 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCa   >  1:58283/1‑61 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCa   >  1:5847/1‑61 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCa   >  1:16305/1‑61 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCa   >  1:17031/1‑61 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCa   >  1:49135/1‑61 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCAACAAGGACGCat  >  1:10455/1‑62 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCAACAAGGACGCa   >  1:51707/1‑61 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCACACAAGGACGCa   >  1:60956/1‑61 (MQ=255)
aTTTTGGCCATAAAACTATAGGGAAGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGACGCa   >  1:12082/1‑61 (MQ=255)
                                                        |     
ATTTTGGCCATAAAACTGTAGGGACGATAAATAATGGTTGGATTGATCCCACAAGGTCGCAT  >  W3110S.gb/3065135‑3065196

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A