Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,167,624 A→G G88G (GGT→GGC)  ygiV ← predicted transcriptional regulator

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,167,6240AG100.0% 208.4 / NA 111G88G (GGT→GGC) ygiVpredicted transcriptional regulator
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (111/0);  total (111/0)

Only 100 of 111 total aligned reads displayed.

GTGGCGGGCCACGGCATAACGTCCACCGGTAAGTTCACCATTGCTCACACCATAACGATTAT  >  W3110S.gb/3167576‑3167637
                                                |             
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCCCCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:80465/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGcc             >  1:64844/2‑51 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAAc        >  1:45826/2‑56 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:64415/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:69070/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:68706/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:68018/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:67490/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:67306/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:67093/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:65299/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:65235/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:64764/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:64592/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:7233/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:62973/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:6275/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:59048/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:58030/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:57442/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:56520/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:55218/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:53932/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:53851/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:52715/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:50050/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:80497/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:8854/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:88117/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:87573/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:87238/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:86997/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:86411/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:84696/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:84149/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:83426/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:82693/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:82010/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:81720/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:69306/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:79009/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:78901/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:78406/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:78235/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:74345/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:74314/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:72856/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:72817/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:72786/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:72440/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:49706/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:15560/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:31759/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:31615/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:30202/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:29274/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:28921/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:28202/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:25978/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:24066/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:20441/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:19352/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:1775/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:32573/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:15016/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:14356/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:13917/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:13155/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:13104/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:1254/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:11992/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:11660/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:11578/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:11519/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:10853/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:40906/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:49626/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:49590/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:48972/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:48090/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:46602/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:46324/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:45241/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:45029/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:44681/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:44154/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:42797/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:41186/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:10679/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:39796/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:39527/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:39386/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:39380/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:36702/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:35670/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:3544/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:34906/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:3388/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGGCAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:33051/2‑62 (MQ=255)
atGGCGGACAACAGCATAACGCCCACCGGTAAGTTCGCCATTACTCACGCCATAACGATTAt  >  1:24575/2‑62 (MQ=255)
                                                |             
GTGGCGGGCCACGGCATAACGTCCACCGGTAAGTTCACCATTGCTCACACCATAACGATTAT  >  W3110S.gb/3167576‑3167637

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A