Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,402,833 A→G L119L (TTG→CTG)  yhdA ← conserved inner membrane protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,402,8330AG100.0% 133.5 / NA 69L119L (TTG→CTG) yhdAconserved inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (0/69);  total (0/69)

TGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAACGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACG  >  W3110S.gb/3402803‑3402864
                              |                               
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCTACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:27923/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACTTCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:31997/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCTGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:7136/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:55550/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:70512/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:67136/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:58731/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:58207/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:58155/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:70801/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:54420/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:53759/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:52223/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:52054/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:51972/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:50715/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:49687/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:11189/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:49012/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:71947/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:73004/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:73142/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:74628/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:75819/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:76201/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:77009/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:77789/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:84134/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:85086/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:85667/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:86174/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:9584/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:22455/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:42863/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:3295/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:32562/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:30849/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:30699/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:2544/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:24948/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:2324/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:33977/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:22163/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:2055/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:20241/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:17850/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:16154/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:14915/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:1431/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:11563/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:35044/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:3570/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:42086/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:36/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:36653/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:41832/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:36772/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:41237/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:3722/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:37339/62‑1 (MQ=255)
tGCCCATCGGATCCAGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:28504/62‑1 (MQ=255)
 tcccATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:5632/60‑1 (MQ=255)
 gCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACTTCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:39967/61‑1 (MQ=255)
 gCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:460/61‑1 (MQ=255)
 gCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:52119/61‑1 (MQ=255)
 gCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:52508/61‑1 (MQ=255)
 gCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:5406/61‑1 (MQ=255)
 gCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:60081/61‑1 (MQ=255)
          aTCCTGATAAACCAGACGCAGCGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACg  <  1:56457/52‑1 (MQ=255)
                              |                               
TGCCCATCGGATCCTGATAAACCAGACGCAACGACATCCCCGGATGCTTTATCAACGGAACG  >  W3110S.gb/3402803‑3402864

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A