Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,820,236 T→G V330V (GTT→GTG)  ligB → DNA ligase, NAD(+)‑dependent

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,820,2360TG100.0% 210.9 / NA 107V330V (GTT→GTG) ligBDNA ligase, NAD(+)‑dependent
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base G (0/107);  total (0/107)

Only 100 of 107 total aligned reads displayed.

ATTCAGTTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTTGCGTCACTCGCACCTGTCAT  >  W3110S.gb/3820195‑3820256
                                         |                    
aTTCAATTTGCTGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:7164/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGTGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:55160/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCTGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:67969/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:56342/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:64768/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:64022/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:61920/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:59989/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:59313/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:58936/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:58080/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:57755/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:5651/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:66916/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:5566/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:54999/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:84001/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:53408/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:5330/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:53039/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:84823/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:52626/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:52011/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:50867/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:7522/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:83128/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:82882/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:82767/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:82656/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:79024/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:78630/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:77942/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:76775/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:76565/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:76022/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:65341/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:74913/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:83709/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:73010/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:72065/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:71686/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:70396/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:70352/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:69746/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:67833/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:48798/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:17442/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:87170/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:22766/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:87296/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:22240/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:21522/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:21382/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:21322/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:21195/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:19255/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:18243/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:86644/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:17124/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:16644/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:88196/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:16472/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:15870/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:15178/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:13443/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:13052/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:12618/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:10694/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:32724/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:4632/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:46006/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:43790/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:41245/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:40396/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:40122/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:37561/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:36220/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:3622/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:35329/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:25119/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:32440/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:31403/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:3138/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:30736/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:29574/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:27999/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:26454/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:26448/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:25846/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:86446/62‑1 (MQ=255)
aTTCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTAGCACCTGTCAt  <  1:16393/62‑1 (MQ=255)
 ttCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTcct  <  1:12345/61‑3 (MQ=255)
 ttCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:25266/61‑1 (MQ=255)
 ttCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:24797/61‑1 (MQ=255)
 ttCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:23574/61‑1 (MQ=255)
 ttCAATTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:16545/61‑1 (MQ=255)
        tGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:73082/54‑1 (MQ=255)
               ggTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:52901/47‑1 (MQ=255)
               ggTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:22321/47‑1 (MQ=255)
                    gagCGGTAAAATATCGGTGGTGGCGTCACTCGCACCTGTCAt  <  1:53605/42‑1 (MQ=255)
                                         |                    
ATTCAGTTTGCGGTGGGTAAGAGCGGTAAAATATCGGTGGTTGCGTCACTCGCACCTGTCAT  >  W3110S.gb/3820195‑3820256

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A