Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,261,018 A→G L104L (TTA→TTG)  lexA → DNA‑binding transcriptional repressor

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,261,0180AG100.0% 157.1 / NA 84L104L (TTA→TTG) lexADNA‑binding transcriptional repressor
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (84/0);  total (84/0)

ACTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGA  >  W3110S.gb/4260967‑4261028
                                                   |          
gcTTCTGGCGCAACATCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:56062/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCgg  >  1:56635/2‑61 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCg   >  1:64289/2‑61 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCg   >  1:80789/2‑61 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCg   >  1:35192/2‑61 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:54160/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:59078/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:57212/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:56729/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:55918/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:54540/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:54402/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:54210/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:59711/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:53536/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:52666/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:52559/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:52480/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:52184/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:49606/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:46208/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:45912/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:73566/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:88044/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:84395/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:82942/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:82746/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:81495/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:81243/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:80817/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:78775/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:74001/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:59164/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:71925/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:67917/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:66706/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:62477/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:62313/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:61878/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:61146/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:60050/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:45653/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:18379/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:26619/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:11353/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:25428/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:23117/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:22953/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:22021/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:21381/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:2132/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:19268/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:26367/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:18224/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:15737/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:15631/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:15025/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:14385/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:13691/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:1325/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:12614/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:11546/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:33483/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:42669/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:41643/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:41271/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:41050/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:41008/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:40477/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:38143/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:34287/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:27023/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:31712/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:3163/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:30905/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:30552/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:30446/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:30140/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:29719/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:28685/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:27446/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTCCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:19916/2‑62 (MQ=255)
gcTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCATTCCTTGTTCAAGCCGa  >  1:12405/2‑62 (MQ=255)
gcTTCAGGAGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTGTTCAAGCCg   >  1:84829/2‑61 (MQ=255)
                                                   |          
ACTTCTGGCGCAACAGCATATTGAAGGTCATTATCAGGTCGATCCTTCCTTATTCAAGCCGA  >  W3110S.gb/4260967‑4261028

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A