Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,427,258 2 bp→CA coding (391‑392/651 nt) ulaD → 3‑keto‑L‑gulonate 6‑phosphate decarboxylase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,427,2580GC100.0% 136.4 / NA 73G131Q (GGG→CAG) ulaD3‑keto‑L‑gulonate 6‑phosphate decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base C (0/73);  total (0/73)
*W3110S.gb4,427,2590GA100.0% 135.0 / NA 73G131Q (GGG→CAG) ulaD3‑keto‑L‑gulonate 6‑phosphate decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/73);  total (0/73)

GACCGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTGGGCAGGTGGT  >  W3110S.gb/4427206‑4427268
                                                    ||         
gACCGGTTACTGGACCT‑GCAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:71723/62‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGTGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:58430/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:69769/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:7698/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:75917/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:75510/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:73273/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:7256/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:72273/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:72068/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:69917/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:77311/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:68936/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:6795/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:67804/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:67585/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:6547/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:62828/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:61925/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:84939/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:9636/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:88502/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:88171/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:87955/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:87791/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:87688/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:86214/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:85450/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:606/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:84175/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:8349/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:83464/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:83124/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:79288/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:77862/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:77830/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:77628/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:20739/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:10250/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:29524/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:27901/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:25410/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:25268/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:25075/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:23154/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:21376/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:31558/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:19935/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:19104/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:18561/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:17394/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:17219/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:16078/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:15139/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:13005/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:32515/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:60318/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:58710/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:58706/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:57951/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:57519/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:56762/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:55508/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:51537/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:43197/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:42472/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:3790/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:3501/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:33448/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:33304/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGAAggtggt  <  1:77309/60‑1 (MQ=255)
   cGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAAGCATTCAGCAggtggt  <  1:38103/60‑1 (MQ=255)
                     aCAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTCAGCAggtggt  <  1:20657/42‑1 (MQ=38)
                                                    ||         
GACCGGTTACTGGACCTGGGAACAGGCGCAACAGTGGCGCGATGCAGGCATTGGGCAGGTGGT  >  W3110S.gb/4427206‑4427268

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A