Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I3 R1
|
375 |
42.1 |
2927644 |
71.4% |
2090337 |
57.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,358,900 |
G→A |
intergenic (‑76/+237) |
sapA ← / ← ymjA |
predicted antimicrobial peptide transporter subunit/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,358,900 | 0 | G | A | 93.5%
| 182.1
/ 2.2
| 62 | intergenic (‑76/+237) | sapA/ymjA | predicted antimicrobial peptide transporter subunit/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/0); new base A (0/58); total (4/58) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.79e-06 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.01e-01 |
ATTACCGTTTGTGTTCAGGGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCGTTGAACAGGTGACGTC > W3110S.gb/1358882‑1358945
|
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2913059/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2470405/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2480625/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:110737/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2570418/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2575747/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:259346/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2638747/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2680874/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2720305/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2725672/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2813289/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:287596/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2904301/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:24961/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:384150/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:407754/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:474884/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:497358/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:641251/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:752087/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:763950/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:800086/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:847884/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:852888/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:898254/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:92544/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:990896/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:1815784/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:1129695/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:1201495/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:1209602/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:1285929/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:1306408/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:1394111/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:1491368/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:1502619/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:157686/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:1652858/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:1699553/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:1715640/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2470210/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:190447/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:1942680/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2341997/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2332856/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2329963/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2315896/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2169678/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2134027/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2127486/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2111867/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:1952121/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:194689/62‑1 (MQ=255)
aTTACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:193092/62‑1 (MQ=255)
ttACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:544604/61‑1 (MQ=255)
ttACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:2411544/61‑1 (MQ=255)
tACCGTTTGTGTTCAGAGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCATTGAACAGGTGGCg < 1:624755/60‑1 (MQ=255)
aCCGTTTGTGTTCAGGGGTCGTAATGAGGGCCGTGtggttgg > 1:2827648/1‑42 (MQ=255)
aCCGTTTGTGTTCAGGGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCGTTGAACa > 1:852200/1‑52 (MQ=255)
aCCGTTTGTGTTCAGGGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCGTTGAACAGGTGACGTc > 1:2628804/1‑61 (MQ=255)
aCCGTTTGTGTTCAGGGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCGTTGAACAGGTGACGTc > 1:466154/1‑61 (MQ=255)
|
ATTACCGTTTGTGTTCAGGGGTCGTAATGAGGGCCGTGTGGTTGGTCGTTGAACAGGTGACGTC > W3110S.gb/1358882‑1358945
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
