Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I3 R1
|
375 |
42.1 |
2927644 |
71.4% |
2090337 |
57.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
1,552,600 |
G→T |
G142G (GGG→GGT) |
fdnH → |
formate dehydrogenase‑N, Fe‑S (beta) subunit, nitrate‑inducible |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 1,552,600 | 0 | G | T | 98.0%
| 154.7
/ ‑3.6
| 50 | G142G (GGG→GGT) | fdnH | formate dehydrogenase‑N, Fe‑S (beta) subunit, nitrate‑inducible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (0/49); total (1/49) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.00e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
CTGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGGTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAAGAGG > W3110S.gb/1552570‑1552634
|
ttGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:1934398/61‑1 (MQ=255)
ttGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:2595945/61‑1 (MQ=255)
ttGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:2360250/61‑1 (MQ=255)
ttGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:2703504/61‑1 (MQ=255)
ttGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:2784642/61‑1 (MQ=255)
ttGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:2811732/61‑1 (MQ=255)
ttGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:2901561/61‑1 (MQ=255)
ttGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:381877/61‑1 (MQ=255)
ttGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:1950715/61‑1 (MQ=255)
ttGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:680829/61‑1 (MQ=255)
ttGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:1827646/61‑1 (MQ=255)
ttGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:1685600/61‑1 (MQ=255)
ttGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:698524/61‑1 (MQ=255)
ttGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:905365/61‑1 (MQ=255)
ttGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:881968/61‑1 (MQ=255)
ttGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:142837/61‑1 (MQ=255)
ttGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:1478914/61‑1 (MQ=255)
ttGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:1494520/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTGCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:2106395/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:569928/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:567032/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:2308808/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:31930/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:851859/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:863213/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:867102/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:892733/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:268646/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:2681038/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:695349/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:204638/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:1245050/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:1246116/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:1308490/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:1308873/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:136018/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:1510446/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:1540588/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:1895536/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:2607416/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:2048490/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:2049529/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:2083746/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:2162128/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:2253663/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:1058477/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:2542618/61‑1 (MQ=255)
tGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCACCTCAACAAag < 1:1409059/61‑1 (MQ=255)
aTCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGGTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAAGAgg > 1:2567148/1‑61 (MQ=255)
cTGCATTGCCGGTTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAag < 1:2231237/44‑1 (MQ=255)
|
CTGCATCGGCTGTGGTTACTGCATTGCCGGGTGTCCGTTTAATATTCCGCGCCTCAACAAAGAGG > W3110S.gb/1552570‑1552634
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
