Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R1 375 42.1 2927644 71.4% 2090337 57.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,372,478 A→C G246G (GGA→GGC)  yfbF → undecaprenyl phosphate‑L‑Ara4FN transferase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,372,4780AC88.2% 312.7 / 21.0 102G246G (GGA→GGC) yfbFundecaprenyl phosphate‑L‑Ara4FN transferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/12);  new base C (0/90);  total (0/102)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01

Only 100 of 102 total aligned reads displayed.

GCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTG  >  W3110S.gb/2372436‑2372505
                                          |                           
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGTCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:590248/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2478975/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:37343/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:35447/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2912450/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2892463/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2870482/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2823987/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2758512/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2609322/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2517785/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2486785/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:373837/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2457156/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2399924/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2292539/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2281913/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2280775/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2276237/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2249770/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2093819/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2047023/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2033844/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:703820/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:992939/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:974959/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:950713/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:877266/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:857935/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:855430/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:771387/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:735403/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:722907/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:721780/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1007018/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:542312/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:541439/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:52476/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:504079/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:465312/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:452001/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:445447/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:431686/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:42465/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1783060/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1453761/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1474417/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1433819/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1494110/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1585588/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1589527/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1607455/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1625809/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1367158/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1345244/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1650583/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1666388/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:167080/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1718439/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1779696/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1882922/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2006678/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2002535/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1015264/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1971152/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1020073/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1939244/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:191681/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1803294/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1131665/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1827335/62‑1 (MQ=255)
gcTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1205389/62‑1 (MQ=255)
 cTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1055784/61‑1 (MQ=255)
 cTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:115707/61‑1 (MQ=255)
 cTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:883589/61‑1 (MQ=255)
 cTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1162478/61‑1 (MQ=255)
 cTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1341340/61‑1 (MQ=255)
 cTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1006054/61‑1 (MQ=255)
 cTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2009800/61‑1 (MQ=255)
 cTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:163871/61‑1 (MQ=255)
 cTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1992884/61‑1 (MQ=255)
 cTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2111906/61‑1 (MQ=255)
 cTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:1846008/61‑1 (MQ=255)
 cTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2375628/61‑1 (MQ=255)
  tACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTTCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:493713/60‑1 (MQ=255)
   aCGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:6832/59‑1 (MQ=255)
        tGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTg  <  1:1320623/62‑1 (MQ=255)
        tGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTg  <  1:1313213/62‑1 (MQ=255)
        tGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTg  <  1:1302295/62‑1 (MQ=255)
        tGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTg  <  1:1301566/62‑1 (MQ=255)
        tGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTg  <  1:259370/62‑1 (MQ=255)
        tGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTg  <  1:2365783/62‑1 (MQ=255)
        tGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTg  <  1:1837724/62‑1 (MQ=255)
        tGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTg  <  1:1645387/62‑1 (MQ=255)
        tGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTg  <  1:1354199/62‑1 (MQ=255)
        tGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTg  <  1:513623/62‑1 (MQ=255)
        tGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTg  <  1:1480155/62‑1 (MQ=255)
         gCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTg  <  1:963454/61‑1 (MQ=255)
                        cagcaTTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2206602/38‑1 (MQ=255)
                          gcaTTATTGCGATTGGCGGTTTTAGCATTGCGGtgc          <  1:2436868/36‑1 (MQ=255)
                                          |                           
GCTACGTATGCTGAGTCTGCTCGGCAGCATTATTGCGATTGGAGGTTTTAGCATTGCGGTGCTGCTGGTG  >  W3110S.gb/2372436‑2372505

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A