Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R1 375 42.1 2927644 71.4% 2090337 57.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,551,149 C→T intergenic (‑94/‑70) yfeT ← / → yfeU predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted PTS component

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,551,1490CT100.0% 279.8 / NA 84intergenic (‑94/‑70)yfeT/yfeUpredicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted PTS component
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (33/51);  total (33/51)

CTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATA  >  W3110S.gb/2551107‑2551203
                                          |                                                      
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:30626/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:2223760/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:2213745/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:2203153/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:2170682/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:2134286/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:2624660/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:2671250/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:2698015/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:1720895/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:2792659/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:2795898/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:1683938/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:313516/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:1538669/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:1461067/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:331706/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:327204/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:975724/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:493874/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:7584/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:693111/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:1300194/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:1314963/62‑1 (MQ=255)
ctctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTATGTCAATTCGGGatatat                                     <  1:980261/62‑1 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTc                                              >  1:997471/1‑41 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:689375/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:2745908/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:2558159/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:2447849/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:2334310/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:644448/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:620762/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:294857/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:473480/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:1174575/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:1358124/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:171091/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:1515300/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:1719808/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:1455406/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:1427070/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:1733443/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:137855/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:1968793/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:2073697/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:1187018/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:2098044/1‑62 (MQ=255)
            tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTAGGGATATATGATTCCATACAt                         >  1:937497/1‑62 (MQ=255)
                           aaTGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGAt          >  1:352407/1‑62 (MQ=255)
                           aaTGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGAt          >  1:66743/1‑62 (MQ=255)
                           aaTGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGAt          >  1:550279/1‑62 (MQ=255)
                           aaTGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGAt          >  1:675749/1‑62 (MQ=255)
                           aaTGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGAt          >  1:70261/1‑62 (MQ=255)
                           aaTGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGAt          >  1:2608593/1‑62 (MQ=255)
                           aaTGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGAt          >  1:2378644/1‑62 (MQ=255)
                           aaTGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGAt          >  1:177598/1‑62 (MQ=255)
                           aaTGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGAt          >  1:2754932/1‑62 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCTGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:425580/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:826699/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:824168/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:1282747/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:1957775/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:2536349/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:722504/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:2024743/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:1288987/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:1356346/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:1218641/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:2561877/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:1027669/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:650247/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:2892640/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:578088/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:557594/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:2731815/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:1418216/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:356506/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:230642/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:1715056/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:313995/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:1559149/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:1588839/61‑1 (MQ=255)
                                    tttAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTACATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATa  <  1:2775647/61‑1 (MQ=255)
                                          |                                                      
CTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATA  >  W3110S.gb/2551107‑2551203

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A