Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F21 I0 R2
|
316 |
65.6 |
5147759 |
97.4% |
5013917 |
60.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
2,551,149 |
C→T |
11.7% |
intergenic (‑94/‑70) |
yfeT ← / → yfeU |
predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted PTS component |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 2,551,149 | 0 | C | T | 11.7%
| 276.0
/ 21.9
| 94 | intergenic (‑94/‑70) | yfeT/yfeU | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted PTS component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/49); new base T (7/4); total (41/53) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
TAAATTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTCACCACCGA > W3110S.gb/2551081‑2551219
|
tAAATTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCt > 1:951892/1‑71 (MQ=255)
tAAATTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCt > 1:3581657/1‑71 (MQ=255)
tAAATTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCt > 1:278055/1‑71 (MQ=255)
tAAATTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCt > 1:1957495/1‑71 (MQ=255)
aaaTTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTg > 1:2840798/1‑71 (MQ=255)
aTTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTc < 1:461453/71‑1 (MQ=255)
ccGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCaa < 1:2715261/70‑1 (MQ=255)
ccGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCaa < 1:1894699/70‑1 (MQ=255)
ccGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAAt > 1:3421423/1‑71 (MQ=255)
cGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAAtt < 1:2899393/71‑1 (MQ=255)
cTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGc > 1:3765501/1‑60 (MQ=255)
cTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCg > 1:4314018/1‑71 (MQ=255)
cTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCg < 1:1943298/71‑1 (MQ=255)
ttAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCgg > 1:2559489/1‑71 (MQ=255)
aaGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTc < 1:2944473/62‑1 (MQ=255)
aaGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTc < 1:1780593/62‑1 (MQ=255)
aaGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTc < 1:2228174/62‑1 (MQ=255)
aaGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCgg < 1:2800330/69‑1 (MQ=255)
aaGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCgg < 1:4882445/69‑1 (MQ=255)
aaGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGa > 1:4333371/1‑71 (MQ=255)
aaGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGa > 1:1076946/1‑71 (MQ=255)
aGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGt > 1:3714125/1‑60 (MQ=255)
aGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGa < 1:3652176/70‑1 (MQ=255)
gTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGata < 1:1901854/71‑1 (MQ=255)
gTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGata < 1:382933/71‑1 (MQ=255)
cTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat > 1:1544665/1‑71 (MQ=255)
aTGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:4572660/68‑1 (MQ=255)
aTGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:590787/68‑1 (MQ=255)
aTGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATg < 1:4471304/69‑1 (MQ=255)
aTGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGAt > 1:1519080/1‑71 (MQ=255)
gACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTc < 1:3669365/57‑1 (MQ=255)
aCGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTc > 1:3167712/1‑70 (MQ=255)
cGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCa < 1:1972704/71‑1 (MQ=255)
ctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTc < 1:1010840/46‑1 (MQ=255)
ctTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGAtt > 1:232863/1‑64 (MQ=255)
ttCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATAc < 1:2551333/69‑1 (MQ=255)
ttCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATAc < 1:4252403/69‑1 (MQ=255)
tCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGata > 1:126344/1‑55 (MQ=255)
cacaCTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATc > 1:1815002/1‑70 (MQ=255)
cacTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCt > 1:292716/1‑69 (MQ=255)
cacTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGc < 1:2804463/71‑1 (MQ=255)
acTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCa < 1:4248054/61‑1 (MQ=255)
tctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTc < 1:4207740/38‑1 (MQ=255)
tctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTc < 1:2361277/38‑1 (MQ=255)
tctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTc < 1:322705/38‑1 (MQ=255)
tctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:1738605/52‑1 (MQ=255)
tctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:4595666/52‑1 (MQ=255)
tctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATa > 1:2834722/1‑61 (MQ=255)
ctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:3396628/51‑1 (MQ=255)
ctGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:1100616/51‑1 (MQ=255)
tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAatta > 1:406167/1‑71 (MQ=255)
tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCaa < 1:2920442/38‑1 (MQ=255)
tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:90284/50‑1 (MQ=255)
tGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAatta > 1:518810/1‑71 (MQ=255)
cGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAattatt > 1:4272413/1‑71 (MQ=255)
tgtAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGa < 1:2326567/70‑1 (MQ=255)
tAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATAc < 1:748292/52‑1 (MQ=255)
tAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTg < 1:2081408/67‑1 (MQ=255)
aCTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGt < 1:4649801/69‑1 (MQ=255)
cTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTaaa < 1:2269141/71‑1 (MQ=255)
cTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTaaa < 1:61019/71‑1 (MQ=255)
tCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:4950915/37‑1 (MQ=255)
tCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatata > 1:4049873/1‑36 (MQ=255)
tCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatata > 1:528914/1‑36 (MQ=255)
tCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTaaa > 1:2671952/1‑70 (MQ=255)
tCAATGATTCCTTTAAGCCTGACAATTCGGGatata > 1:1635778/1‑36 (MQ=255)
cAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:87465/36‑1 (MQ=255)
cAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGatatat < 1:1513074/36‑1 (MQ=255)
cAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTaaa > 1:4380904/1‑69 (MQ=255)
cAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTaaa > 1:4432615/1‑69 (MQ=255)
aaTGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAg > 1:4410668/1‑71 (MQ=255)
aaTGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAg > 1:1532709/1‑71 (MQ=255)
aaTGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAg > 1:4205678/1‑71 (MQ=255)
aaTGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGa > 1:75445/1‑37 (MQ=255)
aaTGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAg > 1:2725463/1‑71 (MQ=255)
aTGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGt < 1:4955066/71‑1 (MQ=255)
tGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGt > 1:1274884/1‑70 (MQ=255)
tGATTCCTTTAAGTCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGt > 1:774327/1‑70 (MQ=255)
ttCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTc < 1:1597526/35‑1 (MQ=255)
ttCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTc < 1:4985828/35‑1 (MQ=255)
ccTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCaa > 1:2482569/1‑46 (MQ=255)
ccTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGt > 1:4822590/1‑70 (MQ=255)
ccTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGt > 1:311628/1‑70 (MQ=255)
cTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTaa < 1:719690/59‑1 (MQ=255)
cTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTca > 1:536177/1‑71 (MQ=255)
cTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTc < 1:3947614/70‑1 (MQ=255)
cTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTc < 1:722855/70‑1 (MQ=255)
tttAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGt < 1:4278678/68‑1 (MQ=255)
tAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTcacca > 1:3654774/1‑71 (MQ=255)
tAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTcacca > 1:504351/1‑71 (MQ=255)
aGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTcaccac < 1:1327116/70‑1 (MQ=255)
aGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTCaccacc < 1:3235432/71‑1 (MQ=255)
aGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTCaccacc < 1:3114185/71‑1 (MQ=255)
aGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTCaccacc < 1:1942238/71‑1 (MQ=255)
aGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTCaccacc < 1:4522306/71‑1 (MQ=255)
ccTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTCACCACCGa < 1:5046145/71‑1 (MQ=255)
|
TAAATTCCGCTTAAGTTCTTATGACGCTCTTCACACTCTGCGAGTGTAGACTCAATGATTCCTTTAAGCCTGTCAATTCGGGATATATGATTCCATACATCTGCAATTATTTGATCGTAAATAGTAAGGTCACCACCGA > W3110S.gb/2551081‑2551219
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
