Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I3 R1
|
375 |
42.1 |
2927644 |
71.4% |
2090337 |
57.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,869,859 |
T→C |
P274P (CCT→CCC) |
yibH → |
hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,869,859 | 0 | T | C | 98.7%
| 256.6
/ ‑6.0
| 77 | P274P (CCT→CCC) | yibH | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (0/76); minor base A (0/1); total (0/77) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACGTCTGAAACCTGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTG > W3110S.gb/3869847‑3869896
|
aggTCTGAAAGCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1976203/48‑1 (MQ=25)
aCGTCTGAATCCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1507815/50‑1 (MQ=25)
aCGTCTGAAACCCGGCTATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:563908/50‑1 (MQ=38)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTActg < 1:1998274/49‑3 (MQ=37)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCtt < 1:1656561/50‑2 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:252764/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2529925/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2566528/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2584728/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2607459/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2497797/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2666627/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2496227/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2482236/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2433085/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2726749/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2768939/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:282340/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2837683/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2915319/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:31196/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:710903/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:950553/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:913724/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:90674/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:903745/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:858173/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:810011/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:784735/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:725114/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:293695/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:709787/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:707649/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:687242/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:513416/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:440861/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:39223/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:315221/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2204472/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1418122/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1621323/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1618357/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2216547/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1593173/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1582715/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1568302/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1558888/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1534105/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1614796/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1408214/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1351100/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1302263/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:123928/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:122784/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1166462/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1153901/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1707867/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1136578/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2166175/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2165295/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2140960/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2130701/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2078764/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2058843/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2057903/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2001009/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1819289/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1793717/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1749896/50‑1 (MQ=255)
aCGTCTGAAACCAGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1420790/50‑1 (MQ=255)
cGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1906479/49‑1 (MQ=255)
cGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:663284/49‑1 (MQ=255)
cGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:2139523/49‑1 (MQ=255)
cGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:1681702/49‑1 (MQ=255)
cGTCTGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGAGCTACCTg < 1:1601083/49‑1 (MQ=25)
tGAAACCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:839251/45‑1 (MQ=255)
aaCCCGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTg < 1:764585/42‑1 (MQ=255)
|
ACGTCTGAAACCTGGCGATGATGCGGAAGTGGTGTTTAACGCGCTACCTG > W3110S.gb/3869847‑3869896
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
