Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I3 R1
|
375 |
42.1 |
2927644 |
71.4% |
2090337 |
57.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
3,928,880 |
G→C |
Q157H (CAG→CAC) |
yhjX → |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 3,928,880 | 0 | G | C | 94.1%
| 107.3
/ ‑0.8
| 34 | Q157H (CAG→CAC) | yhjX | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (32/0); total (32/2) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.78e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 |
TCGCTATCGGTTCTTATGGTCTGGGTAGCCTGGGTTTCAAATTTATCGACACGCAGCTGCTGGAAACGGTCGGTCTGGAAAAAACCTTT > W3110S.gb/3928825‑3928913
|
tCGCTATCGGTTCTTATGGTCTGGGTAGCCTGGGTTTCAAATTTATCGACACGCAgctgct > 1:961048/1‑61 (MQ=255)
tCGCTATCGGTTCTTATGGTCTGGGTAGCCTGGGTTTCAAATTTATCGACACGCAgctgct > 1:908205/1‑61 (MQ=255)
tCGCTATCGGTTCTTATGGTCTGGGTAGCCTGGGTTTCAAATTTATCGACACGCAgctgct > 1:2474707/1‑61 (MQ=255)
tCGCTATCGGTTCTTATGGTCTGGGTAGCCTGGGTTTCAAATTTATCGACACGCAgctgct > 1:812226/1‑61 (MQ=255)
tCGCTATCGGTTCTTATGGTCTGGGTAGCCTGGGTTTCAAATTTATCGACACGCAgctgct > 1:1200197/1‑61 (MQ=255)
tCGCTATCGGTTCTTATGGTCTGGGTAGCCTGGGTTTCAAATTTATCGACACGCAgctgct > 1:1203147/1‑61 (MQ=255)
tCGCTATCGGTTCTTATGGTCTGGGTAGCCTGGGTTTCAAATTTATCGACACGCAgctgct > 1:2233400/1‑61 (MQ=255)
tCGCTATCGGTTCTTATGGTCTGGGTAGCCTGGGTTTCAAATTTATCGACACGCAgctgct > 1:1829160/1‑61 (MQ=255)
tCGCTATCGGTTCTTATGGTCTGGGTAGCCTGGGTTTCAAATTTATCGACACGCAgctgct > 1:1802164/1‑61 (MQ=255)
tCGCTATCGGTTCTTATGGTCTGGGTAGCCTGGGTTTCAAATTTATCGACACGCAgctgct > 1:1760871/1‑61 (MQ=255)
tCGCTATCGGTTCTTATGGTCTGGGTAGCCTGGGTTTCAAATTTATCGACACGCAgctgct > 1:464528/1‑61 (MQ=255)
tCGCTATCGGTTCTTATGGTCTGGGTAGCCTGGGTTTCAAATTTATCGACACGCAgctgct > 1:1445825/1‑61 (MQ=255)
tCGCTATCGGTTCTTATGGTCTGGGTAGCCTGGGTTTCAAATTTATCGACACGCAgctgc > 1:2401721/1‑60 (MQ=255)
tATCGGTTCTTATGGTCTGGGTAGCCTGGGTTTCAAATTTATCGACACGCGGCTGCTGGaa < 1:143156/61‑1 (MQ=255)
tATCGGTTCTTATGGTCTGGGTAGCCTGGGTTTCAAATTTATCGACACGCAGCTGCTGGaa < 1:86191/61‑1 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGGACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:1797450/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:45740/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:432481/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:573925/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:708455/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:2823605/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:730027/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:2768693/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:275985/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:2640914/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:803155/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:2558658/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:2118999/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:1628118/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:1007621/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:1066754/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:1092044/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:1157030/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:1258206/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:1293669/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:131676/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:137923/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:1611118/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:2366618/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:1750825/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:1812186/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:1866703/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:1942397/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:1004336/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:2360220/1‑62 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGACACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCt > 1:252010/1‑60 (MQ=255)
gCCTGGGTTTTAAATTTATCGAAACGCACCTGCTCGAAACGGTGGGTCTGGAAAAAACCttt > 1:254607/1‑62 (MQ=255)
|
TCGCTATCGGTTCTTATGGTCTGGGTAGCCTGGGTTTCAAATTTATCGACACGCAGCTGCTGGAAACGGTCGGTCTGGAAAAAACCTTT > W3110S.gb/3928825‑3928913
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
