Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I3 R1
|
375 |
42.1 |
2927644 |
71.4% |
2090337 |
57.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
4,425,726 |
T→A |
P355P (CCT→CCA) |
ulaA → |
L‑ascorbate‑specific enzyme IIC component of PTS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 4,425,726 | 0 | T | A | 100.0%
| 240.5
/ NA
| 71 | P355P (CCT→CCA) | ulaA | L‑ascorbate‑specific enzyme IIC component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (0/71); total (0/71) |
TCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTC > W3110S.gb/4425665‑4425783
|
tCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCt < 1:1079465/62‑1 (MQ=255)
tCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCt < 1:570606/62‑1 (MQ=255)
tCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCt < 1:2642616/62‑1 (MQ=255)
tCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCt < 1:2595693/62‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:375829/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:479693/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:34949/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:2883213/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:2873473/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:2756930/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:2695483/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:2639288/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:257748/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:2571802/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:2522823/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:2498040/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:2445793/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:2432532/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:2397694/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:2369688/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:85548/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:99578/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:984923/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:973754/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:955199/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:94551/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:916938/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:916704/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:889261/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:455749/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:853722/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:848060/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:817456/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:553844/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:496766/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:487129/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:481812/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:2358194/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1260542/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1519923/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1511655/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1509548/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1487558/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1487557/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1465105/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1430637/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1345091/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1261590/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1533849/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1244983/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1236021/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1211344/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1211301/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:11853/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1172917/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1110510/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1072151/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1873046/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:2298730/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:2230610/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:2189456/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:2136203/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:2083116/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:2032981/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1015191/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1772014/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1766497/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1744975/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1741782/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:173404/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:170272/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1692540/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:1577168/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACATc < 1:2230812/61‑1 (MQ=255)
tCCAGGCTTTATCCCGACGTTCTTCTCCAACGCCACTATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTc < 1:255769/61‑1 (MQ=255)
|
TCGGTCAGCTGATTGCGGTTGGCATCCTGGTCGCCTGCGGCTCCTCGATCCTGATTATTCCTGGCTTTATCCCGATGTTCTTCTCTAACGCCACCATCGGCGTGTTCGCTAACCACTTC > W3110S.gb/4425665‑4425783
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
