Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A6 F28 I2 R1	52	300.6	3297834	97.8%	3225281	57.7

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	minE	2,708,337	C→T	R294C (CGT→TGT)	trpS →	tryptophanyl‑tRNA synthetase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	2,708,337	0	C	T	100.0%	261.1 / NA	78	R294C (CGT→TGT)	trpS	tryptophanyl‑tRNA synthetase
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (0/78); total (0/78)

CCGTTTCCGGTATGCTGACTGAATTGCAGGAACGCTATCACCGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGC > minE/2708296‑2708364

ccGTTTCCGGTATGCTGACTGAATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGcc         <  1:2766353/62‑1 (MQ=255)
ccGTTTCCGGTATGCTGACTGAATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGcc         <  1:2028649/62‑1 (MQ=255)
ccGTTTCCGGTATGCTGACTGAATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGcc         <  1:1842648/62‑1 (MQ=255)
ccGTTTCCGGTATGCTGACTGAATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGcc         <  1:3092222/62‑1 (MQ=255)
ccGTTTCCGGTATGCTGACTGAATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGcc         <  1:1667075/62‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCTCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:1147915/49‑1 (MQ=39)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2768359/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:462385/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:412457/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:401378/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:3248343/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:3237244/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:3226516/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:3126885/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:281786/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2812438/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:3080814/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:3076601/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:3076534/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:296665/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2932711/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2841160/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:752996/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:998812/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:970240/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:894199/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:856242/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:83665/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:81031/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:775880/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:765372/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:452350/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:654648/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:649933/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:647770/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:64731/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:625569/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:582846/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:485195/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2737852/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:1609522/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:101259/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:1863774/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:1830375/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:1810821/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:1810421/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:1713704/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:1697989/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:1674096/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:1635835/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:1992459/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:1608548/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:1475253/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:1467305/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:1302715/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:1282064/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:1246530/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:1237463/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:1116031/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2130702/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2673583/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2627337/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2608665/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2556347/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2527875/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2500498/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2498552/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2418272/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2394769/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2378987/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2340193/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2238035/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:216337/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2163359/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:2046874/49‑1 (MQ=255)

                    gaATTGCAGGAACGCTATCACTGTTTCCCCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:334179/49‑1 (MQ=39)

                                cGCTATCACTGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:3083194/37‑1 (MQ=255)

                                  cTATCTCTGTGTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGc  <  1:560690/35‑1 (MQ=25)

CCGTTTCCGGTATGCTGACTGAATTGCAGGAACGCTATCACCGTTTCCGCAACGATGAAGCCTTCCTGC > minE/2708296‑2708364

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 21 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A