Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F28 I2 R1
|
52 |
300.6 |
3297834 |
97.8% |
3225281 |
57.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,783,605 |
T→A |
L226H (CTC→CAC) |
yjbB → |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,783,605 | 0 | T | A | 100.0%
| 67.5
/ NA
| 22 | L226H (CTC→CAC) | yjbB | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (22/0); total (22/0) |
GTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAA > minE/2783550‑2783611
|
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTTCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:1080330/1‑60 (MQ=39)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:2307091/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:653913/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:3086278/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:3058376/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:3054389/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:2992759/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:2751996/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:2472288/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:2323091/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:2306565/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:2304160/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:1903308/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:1834185/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:1818676/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:1691436/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:1652099/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:1622251/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:1317841/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacgc > 1:1151834/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacg > 1:3247776/1‑60 (MQ=255)
gTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCAcaacg > 1:469563/1‑60 (MQ=255)
|
GTGGCGCTCTGTCTGGTGATTGGTGCTAACCTCGGTTCCGGTCTGCTGGCAATGCTCAACAA > minE/2783550‑2783611
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
