Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F8 I0 R1
|
22 |
59.8 |
3060272 |
94.8% |
2901137 |
61.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,763,540 |
A→G |
10.3% |
noncoding (304/1542 nt) |
rrsG ← |
16S ribosomal RNA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,763,540 | 0 | A | G | 10.3%
| 157.8
/ 10.0
| 58 | noncoding (304/1542 nt) | rrsG | 16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/30); new base G (3/3); total (25/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 |
GGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGG > minE/1763502‑1763610
|
ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTg < 1:153424/71‑1 (MQ=11)
ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTg > 1:1287326/1‑71 (MQ=32)
ggAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCtt < 1:2053499/70‑1 (MQ=14)
gTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGt > 1:245794/1‑70 (MQ=35)
tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTgg > 1:2854884/1‑66 (MQ=35)
tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGc > 1:2822562/1‑71 (MQ=34)
tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGc > 1:1542170/1‑71 (MQ=21)
gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc < 1:36093/70‑1 (MQ=35)
gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc < 1:1533134/70‑1 (MQ=35)
gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAg < 1:54745/68‑1 (MQ=25)
aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt < 1:92239/71‑1 (MQ=34)
aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt < 1:2291173/71‑1 (MQ=34)
ccGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGtt < 1:322810/71‑1 (MQ=34)
ccGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt > 1:725313/1‑70 (MQ=35)
ccGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt > 1:34137/1‑70 (MQ=35)
cGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa > 1:2234487/1‑71 (MQ=11)
cGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTa > 1:2064553/1‑71 (MQ=11)
gtgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTAc > 1:2812637/1‑71 (MQ=11)
gtgtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGAACAGCCAGGGATCGTCGCCtt > 1:612039/1‑58 (MQ=11)
gtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCATACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAc < 1:629313/69‑1 (MQ=255)
gtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc > 1:117713/1‑71 (MQ=34)
tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTAcctc < 1:1445443/71‑3 (MQ=11)
tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCGTCCTCTCAGACCAGCTACTGATCGTCGCCTTGGTGAGCCTTTAcctc < 1:2114044/71‑3 (MQ=11)
tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGt < 1:1206147/65‑1 (MQ=35)
tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTAccc < 1:2317573/70‑1 (MQ=35)
tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc > 1:1441911/1‑61 (MQ=35)
tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc > 1:2419411/1‑61 (MQ=35)
tcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccac > 1:1439129/1‑71 (MQ=21)
aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca < 1:805551/71‑1 (MQ=35)
aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacca < 1:2998771/71‑1 (MQ=35)
aGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCccacc > 1:2588559/1‑70 (MQ=35)
ttCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaac < 1:1069538/71‑1 (MQ=39)
tCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaac > 1:553835/1‑70 (MQ=255)
ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc > 1:567127/1‑55 (MQ=35)
ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc > 1:1399471/1‑55 (MQ=35)
ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaaca < 1:2970047/70‑1 (MQ=255)
ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaaca < 1:1426133/70‑1 (MQ=255)
ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaac > 1:2829712/1‑69 (MQ=40)
ccAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaac > 1:708595/1‑69 (MQ=40)
ccAGTGTGGCGGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGcc < 1:2338003/55‑1 (MQ=255)
cAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAg < 1:2579144/71‑1 (MQ=255)
cAGTGTGGCTGGTCATCCTCCCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaacaa < 1:1201307/70‑1 (MQ=255)
aGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAg < 1:1998922/70‑1 (MQ=255)
aGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACcaacaa < 1:2043415/69‑1 (MQ=255)
gtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa > 1:2376979/1‑71 (MQ=255)
gtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGAGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa > 1:857008/1‑71 (MQ=255)
tgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa < 1:972724/70‑1 (MQ=255)
gCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATcc > 1:1797169/1‑71 (MQ=255)
cTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGt < 1:996444/41‑1 (MQ=38)
cTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGt < 1:2720448/41‑1 (MQ=38)
cTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATcc > 1:2771500/1‑70 (MQ=255)
ggTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTaa < 1:1307396/65‑1 (MQ=255)
gTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCtt < 1:517172/35‑1 (MQ=33)
gTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCtt < 1:2014764/35‑1 (MQ=33)
gTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCtt < 1:1603974/35‑1 (MQ=33)
gTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATc < 1:112475/71‑1 (MQ=255)
gTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt < 1:766141/70‑1 (MQ=255)
gTCATCCTCTCAGACCAGCCAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCAt < 1:1798062/70‑1 (MQ=255)
aTCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTgg > 1:236996/1‑71 (MQ=255)
|
GGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGG > minE/1763502‑1763610
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
