Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I1 R2
|
164 |
48.3 |
4710601 |
85.3% |
4018142 |
55.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
4,032,019 |
C→T |
D650N (GAC→AAC) |
zntA ← |
zinc, cobalt and lead efflux system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 4,032,019 | 0 | C | T | 100.0%
| 158.7
/ NA
| 48 | D650N (GAC→AAC) | zntA | zinc, cobalt and lead efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (28/20); total (28/20) |
CAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGCGTC > W3110S.gb/4031963‑4032073
|
cAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGc < 1:1104595/62‑1 (MQ=255)
cAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGc < 1:113560/62‑1 (MQ=255)
cAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGc < 1:1143351/62‑1 (MQ=255)
cAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGc < 1:2902526/62‑1 (MQ=255)
cAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGc < 1:1943079/62‑1 (MQ=255)
cAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGc < 1:3013634/62‑1 (MQ=255)
cAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGc < 1:3667611/62‑1 (MQ=255)
ggCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGcc > 1:2116406/1‑61 (MQ=255)
gtggtTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCAtt > 1:1196353/1‑61 (MQ=255)
aTGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGc < 1:2748230/44‑1 (MQ=255)
aTGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGc < 1:1634265/44‑1 (MQ=255)
aTGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGc < 1:3509079/44‑1 (MQ=255)
gggTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCg > 1:2353727/1‑62 (MQ=255)
ggTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGc < 1:4112823/44‑1 (MQ=255)
ggTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGc < 1:2601089/44‑1 (MQ=255)
ggTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGc < 1:2915564/44‑1 (MQ=255)
ggTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGc < 1:3927942/44‑1 (MQ=255)
ggTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGc < 1:4436481/44‑1 (MQ=255)
aaTGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGc < 1:2718608/37‑1 (MQ=255)
aaTGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTAcc > 1:1051808/1‑44 (MQ=255)
aaTGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTAcc > 1:4198352/1‑44 (MQ=255)
aaTGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTAcc > 1:447011/1‑44 (MQ=255)
aaTGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTAcc > 1:4689323/1‑44 (MQ=255)
aaTGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTAcc > 1:1181993/1‑44 (MQ=255)
aaTGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTAcc > 1:2248514/1‑44 (MQ=255)
gctgcGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCAt > 1:603619/1‑44 (MQ=255)
gctgcGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCAt > 1:556704/1‑44 (MQ=255)
gctgcGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCAt > 1:2422089/1‑44 (MQ=255)
gctgcGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCAt > 1:1789640/1‑44 (MQ=255)
gctgcGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCAt > 1:2213618/1‑44 (MQ=255)
tgcGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAg > 1:4049752/1‑62 (MQ=255)
tgcGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAg > 1:1035256/1‑62 (MQ=255)
tgcGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAg > 1:763956/1‑62 (MQ=255)
cGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATccc > 1:3993711/1‑49 (MQ=255)
cGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATccc > 1:3382023/1‑49 (MQ=255)
cGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATccc > 1:4417225/1‑49 (MQ=255)
cGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATccc > 1:1718335/1‑49 (MQ=255)
cGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATccc > 1:3116766/1‑49 (MQ=255)
cGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATccc > 1:602650/1‑49 (MQ=255)
cggcggTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTc > 1:4219962/1‑62 (MQ=255)
cggcggTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTc > 1:3360128/1‑62 (MQ=255)
aGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGgcg < 1:2415173/61‑1 (MQ=255)
aGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGgcg < 1:2778248/61‑1 (MQ=255)
aGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGgcg < 1:751630/61‑1 (MQ=255)
gcCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGcgtc < 1:2591082/62‑1 (MQ=255)
ccACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGcgtc > 1:1975133/1‑61 (MQ=255)
ccACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGcgtc > 1:4406850/1‑61 (MQ=255)
ccACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGcgtc > 1:2736206/1‑61 (MQ=255)
|
CAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGCGTC > W3110S.gb/4031963‑4032073
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
