Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F28 I1 R2
|
164 |
48.3 |
4710601 |
85.3% |
4018142 |
55.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
4,350,232 |
G→A |
R3C (CGC→TGC) |
yjdF ← |
conserved inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 4,350,232 | 0 | G | A | 100.0%
| 187.8
/ NA
| 57 | R3C (CGC→TGC) | yjdF | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (37/20); total (37/20) |
AATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTG > W3110S.gb/4350173‑4350287
|
aaTCAGGATTAGCGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCagg < 1:3931989/62‑1 (MQ=255)
aaTCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCagg < 1:4012214/62‑1 (MQ=255)
aaTCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCagg < 1:3732858/62‑1 (MQ=255)
aaTCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCagg < 1:328274/62‑1 (MQ=255)
aaTCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCagg < 1:1771018/62‑1 (MQ=255)
tCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGt < 1:1092537/61‑1 (MQ=255)
tCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGt < 1:886170/61‑1 (MQ=255)
tCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGt < 1:4589807/61‑1 (MQ=255)
tCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGt < 1:4555545/61‑1 (MQ=255)
tCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGt < 1:3475420/61‑1 (MQ=255)
tCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGt < 1:1272371/61‑1 (MQ=255)
aGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCAt > 1:1712058/1‑62 (MQ=255)
aGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCAt > 1:7103/1‑62 (MQ=255)
aGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCAt > 1:674953/1‑62 (MQ=255)
aGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCAt > 1:18694/1‑62 (MQ=255)
aGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCAt > 1:2386215/1‑62 (MQ=255)
aGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCAt > 1:1971020/1‑62 (MQ=255)
aGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCAt > 1:200158/1‑62 (MQ=255)
aGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCAt > 1:372325/1‑62 (MQ=255)
aGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCAt > 1:2076502/1‑62 (MQ=255)
gTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAAt < 1:3088619/62‑1 (MQ=255)
gTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAAt < 1:4306766/62‑1 (MQ=255)
cAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCCAATCa < 1:324604/62‑1 (MQ=255)
cAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCa < 1:3221565/62‑1 (MQ=255)
gTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAg > 1:4057122/1‑61 (MQ=255)
gTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAg > 1:3685616/1‑61 (MQ=255)
gTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAg > 1:1606277/1‑61 (MQ=255)
gTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAg > 1:1675889/1‑61 (MQ=255)
tGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGaaaa > 1:2406512/1‑61 (MQ=255)
tGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAAt > 1:1016739/1‑62 (MQ=255)
tGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAAt > 1:4036722/1‑62 (MQ=255)
tGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAAt > 1:3934301/1‑62 (MQ=255)
tGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAAt > 1:4611570/1‑62 (MQ=255)
tGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAAt > 1:2538623/1‑62 (MQ=255)
tGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAAt > 1:494118/1‑62 (MQ=255)
tGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAAt > 1:2741872/1‑62 (MQ=255)
tGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAAt > 1:3110762/1‑62 (MQ=255)
tGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTCAGTTCGCAAATCAGGGaaaa > 1:343409/1‑61 (MQ=255)
gtTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTg > 1:183565/1‑62 (MQ=255)
gtTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTg > 1:3146332/1‑62 (MQ=255)
gtTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTg > 1:1480300/1‑62 (MQ=255)
gtTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTg > 1:3490225/1‑62 (MQ=255)
gtTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTg > 1:3510503/1‑62 (MQ=255)
gtTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTg > 1:2876108/1‑62 (MQ=255)
gtTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTg > 1:1287661/1‑62 (MQ=255)
aaGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTg < 1:3510955/59‑1 (MQ=255)
aaGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTg < 1:3628097/59‑1 (MQ=255)
aaGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTg < 1:4320453/59‑1 (MQ=255)
aaGAATTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTg < 1:196388/59‑1 (MQ=255)
aTTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTc < 1:4046381/62‑1 (MQ=255)
aTTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTc < 1:2220243/62‑1 (MQ=255)
aTTAACGGCTTGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTc < 1:140541/62‑1 (MQ=255)
tGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGc > 1:1347094/1‑62 (MQ=255)
tGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGc > 1:3000197/1‑62 (MQ=255)
tGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGc > 1:1937023/1‑62 (MQ=255)
tGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGc > 1:3444856/1‑62 (MQ=255)
tGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGc > 1:3268952/1‑62 (MQ=255)
tGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGc > 1:1835832/1‑62 (MQ=255)
tGAGTGTGCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGc > 1:2561509/1‑62 (MQ=255)
tgtgCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTg < 1:2050557/61‑1 (MQ=255)
tgtgCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTg < 1:1110362/61‑1 (MQ=255)
tgtgCAGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTg < 1:3052938/61‑1 (MQ=255)
|
AATCAGGATTAACGTTAGCGTCAGTGCGCTGGTGTTAAGAATTAACGGCTTGAGTGTGCGGGTCATGGTGAGTTCGCAAATCAGGGAAAATACTGACTATTCACCAGCAAGCGTG > W3110S.gb/4350173‑4350287
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
